Hace años, el río era problemático porque causaba inundaciones de forma muy común en la época lluviosa.En su curso, encontramos varias áreas con bosque de ribera en el que podemos encontrar especies como Populus nigra y Populus x canadensis (esporádicos) acompañados de juncáceas y rosáceas en los tramos intermitentes, mientras que en su tramo de flujo activo en Fuentes de año aparecen especies como Ulmus minor, Populus Alba, Salix alba, Corylus avellana o Populus nigra con especies como Epilobium hirsutum, Rosa spp.El río Valtodano, se ha inundado en varias ocasiones siguiendo en general un patrón semejante al del Zapardiel.De esta forma, el desbordamiento tras la desembocadura del Valtodano se produjo por la margen izquierda.No obstante, al ser un río de pequeño tamaño, los registros en prensa histórica son muy escasos, aunque cabe esperar que haya habido más eventos de inundación que no han sido recogidos en documentos históricos.