La vuelta se jugó en un lleno y pletórico Estadio Alfonso Lastras Ramírez volcado en favor de su equipo, el marcador fue de 2-0 favorable para los locales, empatando el global en la serie 2-2, pero la mejor posición en la tabla le otorgó el pase a la final del torneo a los potosinos.
Días después se anunció que las negociaciones no se concretaron, por este motivo, y debido a que los cupos para jugar en la Liga de Ascenso ya estaban llenos, el equipo no participó la temporada 2016-17 en ninguna categoría del fútbol mexicano y la franquicia fue resguardada por la FMF.
[12] En febrero, Miguel Ángel Gil Marín, director general del Atlético de Madrid, visitó México para presentar el proyecto con el cual trabajarían junto al Atlético San Luis, el cual fue autorizado y la franquicia fue puesta a disposición de los españoles.
Además, se contrató al centrocampista maliense-francés Mohamed Sissoko, quien tuvo experiencia en distintos clubes europeos.
Ya para la vuelta, el equipo potosino remontó tras ir perdiendo dos veces, y logró el triunfo en los tiempos extras, por marcador global de 4-3, consiguiendo así su primer título en el Ascenso MX y medio boleto para ascender a la Liga Bancomer MX.
Para el Clausura 2020, el Atlético de San Luis contrató a Memo Vázquez Jr.
Para el Guard1anes 2020, tercer torneo del San Luis en la Primera División, la directiva decidió mantener a Memo Vázquez en la dirección técnica para evitar problemas en la tabla de cocientes.
Sin embargo, el 30 de octubre se despidió al entrenador por los malos resultados del club,[36] y de nuevo Luis Francisco García fue elegido para finalizar el torneo, al término del certamen, el Atlético se colocó en la última posición general con 11 puntos conseguidos con tres victorias y dos empates.
[37] Sin embargo, el entrenador comenzó con dos derrotas consecutivas ante el América y el Necaxa, finalmente, en la jornada 3 consiguió su primera victoria por 3-1 ante el Club Deportivo Guadalajara.
[42][43] Sin embargo, finalmente las negociaciones entre ambas partes fracasaron, por lo que se mantuvo el Atlético de San Luis como tal.
En la reclasificación el San Luis dio la sorpresa al eliminar al Monterrey en penales tras empatar a dos goles en el tiempo regular y conseguir su entrada en cuartos de final por primera en la historia del equipo.
[49] Sin embargo, en esa etapa el Atlético fue eliminado por el Pachuca con un global de 5-4 en una eliminatoria que fue decidida en los últimos minutos del partido de vuelta, por lo que el cuadro rojiblanco dejó una buena impresión.
[52] El Estadio Alfonso Lastras Ramírez es el campo del Atlético de San Luis.
A continuación se enumeran en orden cronológico el fabricante de las indumentarias y los patrocinadores principales del club: Domènec Torrent Jordi Gris Jordi Guerrero Vicente Espadas Emilio Ricart Martín Ferrer Plantilla en la web oficial
El equipo se fundó en 2019, después del ascenso del Atlético de San Luis a Primera División, ya que los requisitos modificados en este año incluyen tener un equipo femenil, esta escuadra disputa sus partidos en el Estadio Alfonso Lastras.
Las inferiores del equipo tendrá participación en el Apertura 2019 por el ascenso del primer equipo, esto debido al reglamento de la Liga BBVA MX, deberá cumplir con las categorías inferiores.