[2]​ Sissoko comenzó su carrera como jugador en la cantera del club francés AJ Auxerre, aunque nunca llegó a jugar con el primer equipo.

Se convirtió rápidamente en el favorito de la afición, que le apodó cariñosamente "Oro Negro".

En su segunda temporada, Sissoko jugó 21 partidos y se dio a conocer por sus buenas actuaciones.

El entonces entrenador del Liverpool Benítez lo cubrió de elogios diciendo que Sissoko poseía una "capacidad increíble para su edad" y características similares al francés Patrick Vieira.

Su temprana carrera, al igual que Vieira, estuvo marcada por problemas de disciplina, tendencia a recibir tarjetas amarillas en las finales o una imprudente actitud.

Sissoko, sin embargo, se recuperó y regresó en la 6.ª ronda de la Copa FA contra el Birmingham City llevando unas gafas protectoras, ganando el Liverpool 7-0.

Sin embargo, regresó jugando contra el Newcastle United en un partido que el Liverpool perdió 2-1.

Sin embargo, el 28 de junio Sissoko firmó un contrato para continuar su carrera en el Liverpool por otros cuatro años, hasta el 2011.

Acabaría con 10 partidos acumulados en total, y finalmente el Levante ejerció la opción de compra que tenía por sus derechos, uniéndose así a la entidad granota por una temporada más.