En este momento se une Atanasildo Saldaña al bando de los colorados, poniéndose bajo las órdenes del Melchor Pacheco y Obes.

Participó en la batalla de India Muerta donde Fructuoso Rivera es vencido definitivamente y se pone sitio a Montevideo.

Sus constantes viajes a Entre Ríos hicieron sospechar al entonces Presidente Bernardo Prudencio Berro que Saldaña mantenía contacto con el general Venancio Flores, por eso Berro le dio de baja del Ejército a principios de 1863.

Los oficiales y soldados del Gobierno que fueron hechos prisioneros fueron liberados inmediatamente, el mismo Saldaña dijo: Tras la batalla de Pedernal (donde tuvo un papel decisivo) se retiró a su estancia, donde fue capturado por el comandante gubernista Inocencio Benítez, quien recibió como recompensa un ascenso y una espada de honor.

Capturado Saldaña junto con su padre fueron conducidos al Salto y allí permanecieron prisioneros en la Jefatura de ese Departamento hasta que Leandro Gómez se marchó hacia Paysandú.

Pocas horas después Paysandú caería definitivamente y el general Suárez ordenaría fusilar al coronel Leandro Gómez.

El mismo Saldaña se vería al borde de la muerte en una ocasión debido a estas enfermedades.

El 27 del mismo mes el coronel Julio Arrúe desembarca en la playa de la Agraciada dando comienzo efectivo al movimiento revolucionario.

Un mes más tarde al llegar Martínez a Montevideo y entrevistarse con el Ministro de Guerra coronel Lorenzo Latorre, éste le dijo: Vencido el movimiento insurrecto emigró a Argentina donde pasó 6 años, alternando su estadía entre Buenos Aires, Corrientes y Entre Ríos.

En 1881 el Gobierno de Francisco Vidal decretó una amnistía general que benefició a Saldaña quien volvió al país y fue restituido en su antiguo grado militar, pero definitivamente caído en desgracia.