Su gobierno dio inicio al período histórico conocido como el "militarismo", donde se profundizó el proceso de modernización del Estado uruguayo a finales del siglo XIX.

En septiembre de 1863 se volvió soldado raso en las fuerzas del Coronel Enrique Castro.

Contaba con 24 años y ya con una posición económica sólida debido a sus ahorros.

Fue instalado en el poder Pedro Varela, siendo poco días después electo por la Asamblea General como presidente.

Tiene un rol protagónico para el gobierno luchando en la Revolución Tricolor en ese mismo año.

Latorre aceptó y después de marchar frente a la multitud hacia el Fuerte (sede del Poder Ejecutivo), que ya había abandonado Varela, tomó las riendas del país con el título de "Gobernador Provisorio".

Se hizo cargo del Poder Ejecutivo como "Gobernador Provisorio", con sólo 31 años.

El rápido desarrollo del alambramiento trajo ventajas, como por ejemplo:[7]​ Toda esta transformación también acarreó enormes cambios sociales: [7]​ Latorre buscó reformar la educación para que de esa manera se difundieran en las nuevas generaciones valores los conocimientos necesarios para que Uruguay pudiera ingresar plenamente en el mundo moderno.

[8]​ Latorre le encomendó este trabajo a José Pedro Varela, un joven escritor y periodista que había sido opositor de su gobierno.

Se reformó tanto la estructura de la enseñanza primaria como su contenido (la educación secundaria aún no existía).

[11]​ Cuando la reforma comenzó a aplicarse había 62 escuelas, 143 maestros y unos 8.000 alumnos en Montevideo.

Con la idea de crear una identidad nacional, se exaltaron eventos históricos.

Muchos caudillos colorados fueron incorporados al Ejército y los que se resistieron fueron rápidamente eliminados.

Sin embargo, Latorre no pudo adaptarse al nuevo escenario constitucional.

En su carta de renuncia a la presidencia afirmó:[1]​"Al retirarme a la vida privada, llevo el desaliento hasta el punto de creer que nuestro país es un país ingobernable.

Con tal convicción, no tengo el valor civil de afrontar por más tiempo la ruda misión que me impuso el voto de la representación nacional".La Asamblea General aceptó su renuncia y Francisco Vidal fue nombrado como sustituto por el resto del período que le correspondía a Latorre.

[15]​ Tras abandonar Montevideo, se instala cerca de la frontera pero del lado brasileño en Yaguarón.

La primera fue en junio, durante tres días, pero regresa a Argentina voluntariamente ante una oposición a que se radicara nuevamente en Uruguay proveniente de las cúspides del gobierno de Máximo Tajes.

[1]​ En 1890 contrae matrimonio con la dama argentina Amalia Busetti, con la que tiene tres hijos.

En diciembre de 1898, en Buenos Aires, en una reunión social concurren tanto Latorre como Herrera y Obes, ambos expresidentes uruguayos.

En esa reunión hubo un conflicto entre los dos pero no llegó a realizarse un duelo.

En mayo de 1975, la dictadura cívico-militar uruguaya repatrió sus restos y los inhumó en el Panteón Nacional, donde aún allí permanecen.