No tiene ningún parentesco con el ilustre reformador escolar José Pedro Varela.

[2]​ El historiador José María Fernández Saldaña lo describió como un hombre que tenía "razonamiento tardío", aunque poseía "ideas extravagante en materia de finanzas" y abrigaba "ambiciones políticas, que sus amigos, dispuestos a aprovecharse de él, explotaban y acrecentaban".

[3]​ En 1857, con sólo veinte años, adhirió al movimiento colorado antifusionista (Partido Conservador) dirigido por el general César Díaz, que terminó trágicamente en febrero de 1858 con la matanza de Quinteros.

Al renunciar Flores el mismo día al Poder Ejecutivo, que ejercía de facto como "Gobernador Provisorio", Varela se hizo cargo interinamente del mando presidencial.

Dedicado a la actividad financiera, fue gerente del Banco Montevideano desde su fundación en septiembre de 1865, hasta que esta institución quebró durante la crisis de 1868, en el gobierno del General Lorenzo Batlle.

Pero al no poder demostrar solvencia económica se resolvió su liquidación, nacionalizándose sus emisiones y garantizando el Estado la futura conversión de las mismas.

[3]​ Además, durante esta administración conspiró contra la presidencia, estableciendo relaciones con caudillos como el sorianense Máximo Pérez o con Francisco Caraballo.

Junto a este último llevó a cabo un levantamiento entre mayo y julio de 1869, con la intención de restablecer el curso forzoso del papel moneda, buscando Varela con esto reactivar su banco en bancarrota.

Latorre y sus tropas se apoderaron de la plaza y las oficinas del gobierno, colocando al banquero Pedro Varela a la titularidad del Poder Ejecutivo, en calidad de "Gobernador Provisorio", junto a un gabinete dominado por los colorados netos.

Una vez que retornaron los desterrados, se levantaron en armas en octubre de 1875, en lo que se llamó la "Revolución Tricolor", al tomar los colores de los Treinta y Tres Orientales.

En esta campaña tuvo un papel destacado el ministro de Guerra y Marina, Lorenzo Latorre.

Estas medidas provocaron el descontento de importadores y acreedores del Estado.

[3]​ Los altos comerciantes y banqueros, preocupados por la situación, reclamaban un cambio de timón.

Cuando llegó Latorre, Varela ya había renunciado y abandonado el Fuerte, pidiendo refugio en la Legación francesa.

[3]​ La llegada de Latorre al poder da inicio a la etapa histórica denominada Militarismo.

En 1881 apoyó un movimiento que no se cristalizó en Salto, comandado por el Coronel Simón Martínez.