Al año siguiente, en 1857, Ellauri consiguió el título de doctor en jurisprudencia, junto a conspicuos condiscípulos como José Pedro Ramírez y Mariano Ferreira.Sin embargo, dos años más tarde, Ellauri sería nuevamente convocado por el Poder Ejecutivo para llevar a cabo una misión diplomática en Argentina, en septiembre de 1870.Durante la segunda votación, los "tradicionalistas" abandonaron la postulación de Gomensoro y votaron juntos por Ellauri, evitando que por división en la Asamblea resultara triunfante Muñóz.Debido a esto, renunció al cargo ese mismo día, pero su renuncia fue rechazada por la Asamblea General.[1] Su gabinete estuvo integrado por: Los sectores principistas apoyaron pero también muchas veces frenaron la tarea presidencial de Ellauri.Los saldos de la balanza comercial del país eran netamente desfavorables y la deuda pública se disparó.Esto perjudicaría al grupo "orista" dueño del alto comercio y los principales bancos, que promovían el patrón oro.El Presidente recién habló sobre lo acontecido dos días después, siendo sus dichos catalogados por la prensa principista como "la palabra de un tartufo".Latorre y sus tropas se apoderaron de la plaza y las oficinas del gobierno, colocando al banquero Pedro Varela a la titularidad del Poder Ejecutivo, en calidad de "Gobernador Provisorio", junto a un gabinete dominado por los colorados netos.Ellauri dejó su casa ubicada en las calles Misiones y Rincón, para asilarse cruzando una azotea en el Consulado de Brasil.No acepta volver en 1889, cuando el Presidente Máximo Tajes le ofrece hacerse cargo de la Cancillería.En 1890, con la llegada a la presidencia de Julio Herrera y Obes, su pariente e íntimo amigo, Ellauri retorna al Uruguay.El oficialismo impulso la candidatura de Ellauri, mientras que la oposición apoyó al veterano Tomás Gomensoro.Renunciando a su candidatura el 12 de marzo, finalmente fue elegido Juan Idiarte Bordacomo nuevo presidente.
José Eugenio Ellauri, hacia la época de su presidencia. Fotografía aparecida en la revista
Rojo y Blanco
, n.º 4, Montevideo, 20 de enero de 1901
Portada de la publicación uruguaya Caras y Caretas, editada entre 1890 y 1897. Presenta una caricatura de Ellauri y hace referencia a su derrocamiento.