Además, su tío materno Bernardo Prudencio Berro, fue presidente del Uruguay entre 1860 y 1864.
Bajo el gobierno de Lorenzo Batlle, convulsionado por la guerra civil, luchó temerariamente.
Su hermano Jacobo Varela se encargó de continuar con su gran reforma educativa.
Consideran a la educación como un sinónimo de la regularidad social, control, progreso, estabilidad, etc.
En este contexto Varela considera que la educación era necesaria para el ejercicio de la ciudadanía.
Juntas desde sus primeros pasos en la educación los más privilegiados aprenderán a ser solidarios con los que menos tienen y así superarán el egoísmo.
Considera que para crear una democracia se debe separar a la religión del Estado.
Lo que se presenta como un pensamiento identificado con la laicidad y las libertades intelectuales humanas.