Menos de una década más tarde se encontraría en las filas del Ejército luchando contra los revolucionarios del Partido Nacional, liderados por el caudillo Timoteo Aparicio, en la denominada Revolución de las Lanzas.

En 1875 comenzó el largo ciclo del Militarismo, al que Idiarte Borda se oponía, y decidió alzarse en armas participando en la Revolución Tricolor.

Sin embargo, en 1886, durante la presidencia de Máximo Santos debió aislarse y radicarse brevemente en Buenos Aires, debido a sus diferencias con el mandatario, a pesar de apoyar en general su gestión.

De esta manera, el oficialismo impulsó la candidatura del expresidente José Ellauri, mientras que la oposición apoyó a Tomás Gomensoro.

Sin embargo, en sucesivas votaciones ninguno de los candidatos obtuvo la mayoría suficiente (45 votos) para ser elegido.

El ascendente líder colorado, José Batlle y Ordóñez, le hizo una firme y severa acusación, en la que lo califica de «el más grande manipulador de todos los escandalosos fraudes que en este período se han cometido».

Esta declaración de Batlle y Ordóñez ya permitía avizorar la enorme rivalidad futura entre las filas batllistas y los militantes idiartistas, que le costaría la vida al mismo presidente Idiarte Borda.

El ministro de Gobierno, Miguel Herrera y Obes, después de asesinado el presidente Idiarte Borda y exiliado en Buenos Aires, le escribiría al embajador de Uruguay en Buenos Aires, don Domingo Mendilaharsu, la siguiente carta: Mi distinguido amigo, Recibí anoche su afectuosa felicitación y la agradezco profundamente.

Cuando se aplaquen las pasiones y la verdad pueda tranquilamente hacer la luz sobre esos sucesos, hablaré y mostraré hasta la evidencia que el desgraciado Presidente Idiarte Borda no era enemigo de la paz, y que sin su actitud patriótica en las primeras tentativas que se hicieron para conseguirla, esa paz no sería hoy una realidad.

Y, más importante aún: sabían quién llevaría a cabo el crimen.

Había mandado construir una suntuosa mansión en el barrio de Colón, Montevideo, en la que no llegó a residir.

Sin embargo, sus verdaderos talones de Aquiles fueron la poca habilidad con la cual modelaba y mantenía su imagen política, y la incursión en prácticas políticas que ya en su época no se estaba dispuesto a tolerar.