Hijo del estanciero y político colorado Domingo Bordaberry Elizondo y de Elisa Arocena Folle, está emparentado con varias figuras de la política uruguaya, como por ejemplo sus tías abuelas maternas Matilde y Amalia de Arocena Artagaveytía, quienes fueron madre del periodista Eduardo Rodríguez Larreta y abuela paterna del político blanco Alberto Zumarán, respectivamente.

Su abuelo materno Alejo fue doble primo y a su vez tío segundo de Elisa Nicanora Artagaveytía Arocena, abuela paterna del exsenador blanco Francisco Gallinal.

Educado en el colegio de los Padres Jesuitas, se transformó en un católico integrista y crítico del Concilio Vaticano II convocado por Juan XXIII.

Dedicado desde joven a las actividades agropecuarias, sus primeras actividades políticas las realizó en el seno de la Liga Federal de Acción Ruralista liderada por Benito Nardone.

[3]​ Fue elegido senador por el Partido Nacional en las elecciones generales de 1962 por la alianza nacionalista-ruralista, ocupando ese cargo entre 1963 y 1965.

En 1964 aglutinó a sus seguidores en la Liga Federal de Acción Ruralista, integrándose en 1969 al Partido Colorado.

[4]​ En las elecciones de 1971, la Unión Nacional Reeleccionista, sector pachequista del Partido Colorado, lo postuló a la Presidencia de la República, en fórmula completada por Jorge Sapelli, para el caso de que la reforma constitucional propuesta por dicho grupo para habilitar la reelección del presidente Jorge Pacheco Areco no obtuviera los votos necesarios para su aprobación.

En su momento hubo quienes afirmaron que habría habido irregularidades en dicha elección.

Durante los primeros meses, se descubrió la "Cárcel del Pueblo" donde la guerrilla tupamara había mantenido a varios secuestrados; ese fue el principio del fin de la guerrilla.

En 1975, propuso a los militares imponer un nuevo sistema constitucional de inspiración fascista y franquista, eliminando definitivamente a todos los partidos políticos para entonces ilegalizados y suprimiendo las instituciones liberales.

[6]​ El 16 de junio las Fuerzas Armadas dieron a conocer sus discrepancias con Bordaberry mediante un comunicado:

b) La soberanía nacional será ejercida por plebiscitos o indirectamente por el Consejo Nacional de la Nación, integrado por el presidente de la República y los comandantes en jefe.

Ni los generales aceptaron el planteo presidencial, ni Bordaberry aceptó firmar varios cientos de proscripciones de hombres vinculados a la política.

En el documento que publicaron al respecto, los Comandantes declararon que las Fuerzas Armadas no querían “compartir el compromiso, la responsabilidad histórica de suprimir los Partidos Políticos Tradicionales”, pero tampoco implantar de inmediato una Constitución, que sería sustituida por Leyes Constitucionales durante un período transitorio.

Por esta conjunción de civiles y militares, es que la dictadura se llamó a sí misma “Proceso cívico-militar”.

En el año 1975 fueron asesinados Ubagesner Chaves Sosa y Fernando Miranda Pérez; sus restos fueron encontrados en el 2005 durante las excavaciones llevadas a cabo ese año.

En el transcurso de la dictadura fueron desaparecidos los 23 ciudadanos: Luis E. González, Juan M. Brieba, Carlos Arevalo, Julio Correa, Otermin Montes de Oca, Horacio Gelos Bonilla, José Arpino Vega y Eduardo Pérez Silveira, Luis Eduardo Arigon Castel, Armando Arnone, Andrés Bellizzi, Eduardo Bleier, Ary Cabrera Prates, José Pedro Callaba Piriz, Julio Castro Pérez, Alberto Corchs Laviña, León Duarte, María Emilia Islas Gatti, Miguel Ángel Mato Fagian, Alberto Mechososo Méndez, Omar Paitta, Elena Quinteros y Carlos Rodríguez Mercader, Héctor Castagnetto, Manuel Ramos Filippini y Ibero Gutiérrez.

Todas las desgracias que para España vinieron después, hasta hoy, nacieron allí y para impedirlas se levantó el carlismo.

El juez Roberto Timbal le imputó los asesinatos de los legisladores Zelmar Michelini y Héctor Gutiérrez Ruiz ocurridos en 1976, cuando se hallaban refugiados en Buenos Aires, y de dos ex presos políticos refugiados en Argentina, los exguerrilleros tupamaros Rosario del Carmen Barredo y William Whitelaw Blanco, en el marco del Plan Cóndor.