[6]​ Como jueza penal participó en causas contra militares y civiles imputados por crímenes cometidos en la dictadura cívico-militar (1973-1984).

[7]​ Al apoyar su accionar en el derecho internacional de los derechos humanos, la jueza argumentaba que no era relevante para esta sentencia referencia alguna a la Ley N.º 18.831 conocida como Ley de caducidad.

Este delito, que prescribiría tras 20 años, no pudo ser juzgado antes por la interrupción del funcionamiento normal del Estado de Derecho entre 1973 y 1985, y por razones procesales que obstaculizaron el trámite judicial hasta 2006.

Durante la visita, se le impide sacar fotos por una supuesta orden del Ministro Eleuterio Fernández Huidobro.

Mota declaró que las autoridades ministeriales estaban en desacato; finalmente mediante un oficio logra acceder al lugar para tomar las fotografías.

[10]​ Las cajas negras del avión, que fueron encontradas, no contenían las grabaciones de la cabina.

Tras este hallazgo, la jueza remitió un oficio al Ministerio de Defensa para reanudar la búsqueda con la participación de Bado, ya que consideraba que los elementos encontrados no permitían un peritaje completo.

Las autoridades de Defensa consideraban que había suficientes elementos para determinar las causas del siniestro.

[2]​ La situación cobró notoriedad y la jueza Mota recibió expresiones de apoyo público desde el ámbito nacional e internacional.

[14]​ El traslado de Mariana Mota fue apelado mediante un recurso administrativo frente a la SCJ, argumentando que las explicaciones dadas eran insuficientes y que no se tomaron correctamente las medidas formales establecidas para un traslado.