La arquidiócesis tiene como sufragáneas a las diócesis de: Belfort-Montbéliard, Nancy, Saint-Claude, Saint-Dié y Verdún.
Ambos fueron martirizados alrededor del año 212 y se convirtieron en los santos patrones de Besanzón.
Una diócesis está certificada por primera vez por el obispo Pancarius, cuyo nombre se indica en las actas del pseudoconcilio de Colonia en 346.
En cualquier caso, no parece que los arzobispos posteriores, obviamente franceses, quisieran o pudieran volver a ejercerlos.
En este período se multiplicaron las abadías recién fundadas, especialmente las cistercienses: fueron los principales centros de resistencia al cisma episcopal del emperador Federico Barbarroja, gobernante del Franco Condado y arzobispado de Besanzón.
Desde el siglo XIII al XVI, época de la Reforma protestante, las instituciones católicas sufrieron un declive.
Curiosamente, la tipología B omite a aquellos obispos que, en el siglo XI eran considerados intrusos o de dudosa vida moral: esto es un claro indicio de que el catálogo tenía un uso litúrgico.