La diócesis tiene 12 569 km² y extiende su jurisdicción sobre los fieles católicos de rito latino residentes en los cantones de: Argovia, Basilea-Campiña, Basilea-Ciudad, Berna, del Jura, Lucerna, Schaffhausen, Soleura, Turgovia y Zug.

En 2020 existían en la diócesis 509 parroquias repartidas en 34 decanatos, que se agrupan en 3 regiones pastorales nombradas según los tres santos patrones de la diócesis:[2]​ nombradas según los tres Santos patrones de la diócesis: A nivel religioso, el sur es protestante, mientras que el norte y los distritos germanófonos son católicos.

El primer intento de fundar un seminario diocesano fue obra del obispo Jakob Christoph Blarer, quien lo estableció en Porrentruy en 1606.

El seminario de Basilea, cerrado en 1836, fue reabierto en Soleura en 1860 y, tras un nuevo cierre debido a la Kulturkampf, se abrió en Lucerna en 1878.

[4]​ Augusta Raurica fue una antigua ciudad romana, correspondiente a la actual Augst, el principal centro del pueblo de los ráuracos.

Ciertamente, un episcopus Rauricorum, Justiniano, firmó las actas del pseudoconcilio de Colonia en 346 y hay razones para creer que residía en Augst.

En tiempos de Carlomagno, Basilea tuvo cierta importancia con el obispo Haito, que fue también abad del monasterio de Reichenau y confidente y consejero del emperador, quien en 811 lo envió a Constantinopla.

Como los otros obispos importantes, poseían igualmente tierras y se convirtieron en poder temporal.

El centro del obispado fue la ciudad de Basilea con su catedral y su casa capitular.

El obispado logró su mayor extensión bajo el obispo Burkard (1072-1107) que tuvo los favores del emperador Enrique IV, quien le ayudó en la disputa de su investidura y le acompañó a Canossa.

El obispado estaba dividido lingüísticamente: la mayoría hablaba francés, pero los distritos de Zwingen, Birseck (Aesch, Arlesheim, Münchenstein, Pfeffingen, Reinach) y Biel/Bienne, así como los territorios situados en la ribera derecha del Rin eran de habla alemana.

Además, los señoríos de Erguël, Orvin, La Neuveville, Diesse y Biel/Bienne son considerados como tierras helvéticas.

Ciudades que pertenecieron al obispado, como Breisach, Neuenburg am Rhein y Rheinfelden, se convirtieron en la proa de los Habsburgo.

La influencia de los Habsburgo creció igualmente en Alsacia y en Basilea desde la segunda mitad del siglo XIII.

El obispo Jakob Christoph Blarer von Wartensee llevó a cabo la contrarreforma en la diócesis.

Estas reuniones estuvieron presididas generalmente por el abad de Bellelay, que era el único que asistía a dicha conferencia asamblea del lado helvético, pues todas los señoríos helvéticos rehusaban participar en dichas asambleas y dar contribuciones.

En 1579, el príncipe-obispo se alió con los siete cantones católicos de la Confederación (Friburgo, Lucerna, Nidwalden, Obwalden, Schwyz, Uri y Zug) para contrarrestar la influencia de la Berna protestante al sur del Jura.

Como la alianza fue renovada sin interrupción hasta 1735, el obispado también se consideraba cercano a la Confederación.

Cuando los franceses invadieron Friburgo en 1677, no reconocieron la neutralidad del cabildo y le exigieron que dejase la ciudad.

En 1792 el obispo Roggenbach tuvo que huir de Porrentruy y refugiarse en Bienne.

Fue grande la persecución contra el clero refractario (unos 600 sacerdotes), que prefirieron huir.

De esta manera, Basilea perdió a la mayoría de sus fieles católicos y el obispo Franz Xaver von Neveu se quedó con solo unas pocas parroquias católicas en Suiza.