Tras el concordato del 29 de noviembre de 1801 con la bula Qui Christi Domini del papa Pío VII, la diócesis fue suprimida y su territorio se fusionó con la arquidiócesis de Besanzón.
[2] En junio de 1817 se estipuló un nuevo concordato entre la Santa Sede y el gobierno francés, al que siguió el 27 de julio la bula Commissa divinitus, con la que el papa restauró la sede de Saint-Claude.
La diócesis fue restablecida definitivamente el 6 de octubre de 1822 con la bula Paternae charitatis del papa Pío VII, con jurisdicción sobre el territorio del departamento de Jura.
[4] Según el Anuario Pontificio 2023 la diócesis tenía a fines de 2022 un total de 185 000 fieles bautizados.
La única rama masculina existente en la diócesis es la Orden del Císter, a la cual pertenecen 17 religiosos que viven en la abadía de Acey.