Su sede social estaba situada en el recinto del Aeropuerto Internacional de N'Djili en Kinsasa.
Tras la independencia del Congo de Bélgica en 1960, la aerolínea nacional belga Sabena continuó operando rutas en el país.
A la aerolínea se le otorgaron derechos exclusivos para operar vuelos programados tanto nacionales como internacionales, y recibió subsidios del gobierno de Léopoldville para cubrir posibles déficits generados por los préstamos aprobados por el gobierno.
En ese momento, entre los destinos estaba Entebbe, Lagos, Nairobi, Ndola, Salisbury y Usumbura.
[1] Air Zaire firmó un acuerdo con la aerolínea francesa Union des Transports Aériens (UTA) en enero de 1964, por el que las dos aerolíneas cooperarían en vuelos entre África y Europa.
[3] La aerolínea operó un servicio desde Kinshasa a Bruselas en un acuerdo conjunto con Sabena hasta junio de 1967.
La aerolínea también operaba vuelos dos veces por semana en la ruta Kinshasa- Entebbe - Nairobi - Dar es Salaam -Lubumbashi- Lusaka -Lubumbashi-Kinshasa.
El 747 fue operado mediante contrato de arrendamiento y sólo estuvo en servicio con la aerolínea durante aproximadamente un año.
[10][11] En la primavera de 1973, se informó que, al viajar a Alemania Occidental, Mobutu requisó el Boeing 747 para sí mismo y utilizó uno de los DC-10 de la aerolínea para transportar a su esposa, dejando a la aerolínea sin aviones para sus propios servicios.
La incorporación del birreactor Boeing permitió la expansión de la red con la incorporación de rutas a Madrid, Abiyán, Bangui, Bujumbura, Conakry, Dakar, Libreville, Lomé y Luanda.
[12] El gobierno anunció que la plantilla de la aerolínea se reduciría de 6500 a 2500 personas, y que se ofrecería una participación del cuarenta por ciento en la aerolínea a posibles compradores.
[3] Cuando en 1990 comenzaron las negociaciones para poner fin al apartheid en Sudáfrica, varias aerolíneas africanas que habían volado anteriormente a Sudáfrica reanudaron sus vuelos; Air Zaire inició la operación de vuelos a Johannesburgo en abril de 1991.
La decisión fue cuestionada por el presidente Mobutu, quien afirmó que un tribunal belga no tenía derecho a declarar en quiebra a una empresa zairense y amenazó con cerrar la oficina de Sabena en Kinshasa como represalia.