Establecido en Alemania en 1910 a la edad de 20 años construyó su primer avión, el Fokker M.1 Spin (araña).
Durante los años 1911-12 desarrolló el "Spinne", y una variante de 1913 le valió su primer contrato militar para cinco aviones escuela biplazas con la designación M.I impulsados por un motor lineal Mercedes o Argus de 100 cv.
Fokker construyó aviones para las Luftstreitkräfte alemana y Luftfahrtruppen austrohúngara durante la Primera Guerra Mundial junto a Hugo Junkers.
Los primeros monoplanos Fokker solían ser difíciles de maniobrar, pero esto se solucionó con la producción del Dreidecker.
En 1919 Fokker se separó de Junkers y volvió a los Países Bajos fundando su propia compañía.
En diciembre de 1939 Anthony Fokker murió en los Estados Unidos, donde su compañía cosechaba importantes éxitos comerciales, mediante su filial Atlantic Aircraft Corporation.
Allí se fabricaron modelos de aviones militares bajo licencia, como el Lockheed F-104 Starfighter.
Con apoyo financiero de la RFA colaboraron en el fracasado proyecto (solo se construyeron 13 ejemplares) del transporte civil biturbofan VFW-614.