Se localiza a las orillas del lago Victoria cerca de la ciudad de Kampala, capital ugandesa.

En el lenguaje local luganda, Entebbe, significa «asiento», y se llamó así probablemente porque fue el lugar donde un jefe baganda se sentó para adjudicar casos legales.

Se convirtió primero en centro comercial y administración colonial británica en 1893 cuando Sir Gerald Portal, un comisionado colonial, la usó como base Port Bell convirtiéndola en el puerto de Kampala.

Aunque ningún barco atraca en Entebbe en la actualidad, hay todavía un embarcadero que fue usado por los ferries del lago Victoria.

Entebbe es el centro del Uganda Virus Research Institute (UVRI).