La constitución ugandesa de 1995 incluyó a Buganda entre los reinos restaurados con carácter cultural.
Buganda fue originalmente un estado vasallo de Bunyoro, pero su poder se incrementó en los siglos XVIII y XIX, convirtiéndose en el reino dominante en la región.
Las tropas baganda también recuperaron terrenos cedidos a Bunyoro, el reino vecino del oeste.
A finales del siglo XIX, el kabaka había sustituido a muchos líderes de clanes por oficiales nombrados por él, y se proclamó "líder de todos los clanes."
El poder del kabaka impresionó a los oficiales británicos, mientras que los líderes políticos del vecino Bunyoro no recibieron de buen grado a los oficiales británicos que llegaron con escoltas baganda.
Buganda se convirtió en la pieza maestra del nuevo protectorado, con un cierto grado de control sobre los otros reinos: Toro, Ankole, Busoga y Bunyoro.
Algunos funcionarios civiles baganda ayudaron a administrar otros grupos étnicos, y la primera historia de Uganda fue escrita según la perspectiva de los baganda y los oficiales coloniales que trataron con ellos.
Mwanga II decidió entonces apoyar a los musulmanes, y progresivamente estos ganaron influencia.
Fue proclamado rey el joven Mutebi II Kiwewa, príncipe convertido al islam, y se proclamó un estado islámico; los cristianos se opusieron al nuevo gobierno con las armas y derrotaron a Mutebi II y los suyos, colocando en el trono al príncipe Kalema (21 de octubre de 1888), que se suponía que simpatizaba con su causa, pero una vez en el poder quiso expulsar a los misioneros y trató de conciliarse con los musulmanes.
Las misiones católicas fueron arrasadas y el obispo francés tuvo que huir del país.
Tropas mercenarias núbias que había servido al kediv de Egipto, fueron enroladas por los británicos y sirvieron para dominar Bunyoro, Toro, Ankole y Busoga (una parte de Bunyoro fue cedido a Buganda por su cooperación).
El comisionado de Uganda Sir Harry Johnston, impuso en 1900 un acuerdo que establecía determinados repartos del suelo, tasas y sobre la administración interior (fue entonces cuando se estableció la división en veinte condados).