Otra fuente de agua para el lago es la región del monte Elgon en la frontera entre Uganda y Kenia.

Lluvias excesivas atribuidas a El Niño en 1997 y 1998 provocaron un aumento excepcional de las aguas, formándose muchas islas de papiro en el Nilo Victoria donde se acumularon.

Esta barrera natural elevó el nivel del lago, inundando cerca de 580 km² de tierras circundantes (DWD 2002) que requirió una evacuación de la población y produjo una crisis económica en la región.

En 2004, Egipto otorgó 13 millones de dólares para regular el caudal del Nilo en el lago Kyoga.

Pero en el 2005, el flujo seguía estando bloqueado en gran parte.