Vio la creciente amenaza a su reino por parte de los misioneros cristianos quienes gradualmente penetraban en Buganda.

Su padre había tratado de mantener las tres religiones, católicos, protestantes y musulmanes unos contra otros para evitar la influencia de los poderes coloniales europeos que estaban apoyando a cada grupo para extender su influencia en África.

Mwanga II tuvo un acercamiento mucho más agresivo, expulsando misioneros e insistiendo que los cristianos convertidos abandonaran su fe o enfrenten la muerte.

Un año después el rey ejecutó a Yusufu Rugarama, Makko Kakumba, y Nuwa Serwanga, que se habían convertido al cristianismo.

Dados estos valores conflictivos, Mwanga estuvo determinado a alejar de su reino las nuevas enseñanzas y sus seguidores.

En total al menos 45 neófitos católicos y protestantes fueron a la muerte; aunque el número real parece que fue mayor.

Partió hacia el África Oriental Alemana (hoy República de Tanzania), donde fue arrestado e internado en Bukoba.