La propuesta se basaba en la necesidad de evitar una competencia ruinosa.
Vista las dificultades de su aprobación, el Ejecutivo decidió no insistir y aceptar que el nuevo ente debería limitar sus funciones en la explotación del transporte ferroviario.
De los 2900 km de vía que hay en el país, circulan trenes de carga en los ramales norte (Montevideo-Rivera - Livramento), litoral (Chamberlain - Paysandú - Salto-Concordia), Piedra Sola - Tres Árboles, Sayago-Minas, Verdun - Planta Portland y Carnelli - La Teja.
En la actualidad, debido a las obras del Ferrocarril Central opera únicamente el servicio de pasajeros entre Tacuarembó y Rivera.
De esta empresa, AFE es accionista con un 51% y la Corporación Nacional para el Desarrollo con un 49%.
A las locomotoras 2001, 2002, 2006, 2008 se le realizó una reconstrucción en conjunto con General Electric en el año 2018.
Entre 2021 y 2022 se realizó por parte de SELF la misma tarea en la locomotora 2007.