stringtranslate.com

Dominio proteico

Piruvato quinasa , una proteína con tres dominios ( PDB : 1PKN ).

En biología molecular , un dominio proteico es una región de la cadena polipeptídica de una proteína que se autoestabiliza y que se pliega independientemente del resto. Cada dominio forma una estructura tridimensional plegada compacta . Muchas proteínas constan de varios dominios, y un dominio puede aparecer en una variedad de proteínas diferentes. La evolución molecular utiliza dominios como bloques de construcción y estos pueden recombinarse en diferentes disposiciones para crear proteínas con diferentes funciones. En general, los dominios varían en longitud desde aproximadamente 50 aminoácidos hasta 250 aminoácidos de longitud. [1] Los dominios más cortos, como los dedos de zinc , se estabilizan mediante iones metálicos o puentes disulfuro . Los dominios a menudo forman unidades funcionales, como el dominio de mano EF de unión al calcio de la calmodulina . Debido a que son estables de forma independiente, los dominios pueden "intercambiarse" mediante ingeniería genética entre una proteína y otra para crear proteínas quiméricas .

Fondo

El concepto de dominio fue propuesto por primera vez en 1973 por Wetlaufer después de estudios cristalográficos de rayos X de lisozima de gallina [2] y papaína [3] y por estudios limitados de proteólisis de inmunoglobulinas . [4] [5] Wetlaufer definió los dominios como unidades estables de estructura proteica que podrían plegarse de manera autónoma. En el pasado, los dominios se han descrito como unidades de:

Cada definición es válida y a menudo se superpone, es decir, es probable que un dominio estructural compacto que se encuentra entre diversas proteínas se pliegue de forma independiente dentro de su entorno estructural. La naturaleza a menudo reúne varios dominios para formar proteínas multidominio y multifuncionales con una gran cantidad de posibilidades. [9] En una proteína multidominio, cada dominio puede cumplir su propia función de forma independiente o de manera concertada con sus vecinos. Los dominios pueden servir como módulos para construir grandes conjuntos, como partículas de virus o fibras musculares, o pueden proporcionar sitios catalíticos o de unión específicos, como los que se encuentran en enzimas o proteínas reguladoras.

Ejemplo: piruvato quinasa

Un ejemplo adecuado es la piruvato quinasa (véase la primera figura), una enzima glucolítica que desempeña un papel importante en la regulación del flujo de fructosa-1,6-bifosfato a piruvato. Contiene un dominio de unión a nucleótidos β (en azul), un dominio de unión a sustratos α/β (en gris) y un dominio regulador α/β (en verde oliva), [10] conectados por varios enlaces polipeptídicos. [11] Cada dominio de esta proteína se encuentra en diversos conjuntos de familias de proteínas . [12]

El dominio de unión al sustrato del barril α/β central es uno de los pliegues enzimáticos más comunes . Se observa en muchas familias de enzimas diferentes que catalizan reacciones completamente no relacionadas. [13] El barril α/β se denomina comúnmente barril TIM en honor a la triosa fosfato isomerasa, que fue la primera estructura de este tipo que se resolvió. [14] Actualmente se clasifica en 26 familias homólogas en la base de datos de dominios CATH. [15] El barril TIM se forma a partir de una secuencia de motivos β-α-β cerrados por la primera y la última hebra unidas por enlaces de hidrógeno, formando un barril de ocho hebras. Existe un debate sobre el origen evolutivo de este dominio. Un estudio ha sugerido que una única enzima ancestral podría haber divergido en varias familias, [16] mientras que otro sugiere que una estructura de barril TIM estable ha evolucionado a través de una evolución convergente. [17]

El barril TIM de la piruvato quinasa es "discontinuo", lo que significa que se requiere más de un segmento del polipéptido para formar el dominio. Es probable que esto sea el resultado de la inserción de un dominio en otro durante la evolución de la proteína. Se ha demostrado a partir de estructuras conocidas que aproximadamente una cuarta parte de los dominios estructurales son discontinuos. [18] [19] El dominio regulador del barril β insertado es "continuo", formado por un solo tramo de polipéptido. [ cita requerida ]

Unidades de estructura de proteínas

La estructura primaria (cadena de aminoácidos) de una proteína codifica en última instancia su conformación tridimensional (3D) plegada de manera única. [20] El factor más importante que rige el plegamiento de una proteína en una estructura 3D es la distribución de cadenas laterales polares y no polares. [21] El plegamiento es impulsado por el enterramiento de cadenas laterales hidrofóbicas en el interior de la molécula para evitar el contacto con el entorno acuoso. Generalmente, las proteínas tienen un núcleo de residuos hidrofóbicos rodeado por una capa de residuos hidrofílicos. Dado que los enlaces peptídicos en sí mismos son polares, se neutralizan mediante enlaces de hidrógeno entre sí cuando están en el entorno hidrofóbico. Esto da lugar a regiones del polipéptido que forman patrones estructurales 3D regulares llamados estructura secundaria . Hay dos tipos principales de estructura secundaria: hélices α y láminas β . [ cita requerida ]

Se ha descubierto que algunas combinaciones simples de elementos de estructura secundaria ocurren con frecuencia en la estructura de las proteínas y se las conoce como estructura supersecundaria o motivos . Por ejemplo, el motivo de horquilla β consiste en dos cadenas β antiparalelas adyacentes unidas por un pequeño bucle. Está presente en la mayoría de las estructuras β antiparalelas tanto como una cinta aislada como parte de láminas β más complejas. Otra estructura supersecundaria común es el motivo β-α-β, que se usa con frecuencia para conectar dos cadenas β paralelas. La hélice α central conecta los extremos C de la primera cadena con los extremos N de la segunda cadena, empaquetando sus cadenas laterales contra la lámina β y, por lo tanto, protegiendo los residuos hidrófobos de las cadenas β de la superficie. [ cita requerida ]

La asociación covalente de dos dominios representa una ventaja funcional y estructural ya que hay un aumento en la estabilidad en comparación con las mismas estructuras asociadas de forma no covalente. [22] Otras ventajas son la protección de los intermediarios dentro de las hendiduras enzimáticas entre dominios que de otro modo podrían ser inestables en entornos acuosos, y una relación estequiométrica fija de la actividad enzimática necesaria para un conjunto secuencial de reacciones. [23]

La alineación estructural es una herramienta importante para determinar dominios. [ cita requerida ]

Estructura terciaria

Varios motivos se agrupan para formar unidades compactas, locales y semiindependientes llamadas dominios. [6] La estructura 3D general de la cadena polipeptídica se conoce como la estructura terciaria de la proteína . Los dominios son las unidades fundamentales de la estructura terciaria, cada dominio contiene un núcleo hidrofóbico individual construido a partir de unidades estructurales secundarias conectadas por regiones de bucle. El empaquetamiento del polipéptido suele ser mucho más apretado en el interior que en el exterior del dominio, lo que produce un núcleo de tipo sólido y una superficie de tipo fluido. [24] Los residuos del núcleo a menudo se conservan en una familia de proteínas , mientras que los residuos en los bucles están menos conservados, a menos que estén involucrados en la función de la proteína. La estructura terciaria de la proteína se puede dividir en cuatro clases principales según el contenido estructural secundario del dominio. [25]

Límites de tamaño

Los dominios tienen límites de tamaño. [27] El tamaño de los dominios estructurales individuales varía de 36 residuos en la E-selectina a 692 residuos en la lipoxigenasa-1, [18] pero la mayoría, el 90%, tiene menos de 200 residuos [28] con un promedio de aproximadamente 100 residuos. [29] Los dominios muy cortos, de menos de 40 residuos, a menudo se estabilizan mediante iones metálicos o enlaces disulfuro. Es probable que los dominios más grandes, de más de 300 residuos, consten de múltiples núcleos hidrofóbicos. [30]

Estructura cuaternaria

Muchas proteínas tienen una estructura cuaternaria , que consiste en varias cadenas polipeptídicas que se asocian para formar una molécula oligomérica. Cada cadena polipeptídica de una proteína de este tipo se denomina subunidad. La hemoglobina, por ejemplo, consta de dos subunidades α y dos β. Cada una de las cuatro cadenas tiene un pliegue de globina α con un bolsillo hemo. [ cita requerida ]

Intercambio de dominios

El intercambio de dominios es un mecanismo para formar conjuntos oligoméricos. [31] En el intercambio de dominios, un elemento secundario o terciario de una proteína monomérica se reemplaza por el mismo elemento de otra proteína. El intercambio de dominios puede abarcar desde elementos estructurales secundarios hasta dominios estructurales completos. También representa un modelo de evolución para la adaptación funcional por oligomerización, por ejemplo, las enzimas oligoméricas que tienen su sitio activo en las interfaces de las subunidades. [32]

Los dominios como módulos evolutivos

La naturaleza es una manitas y no una inventora , [33] las nuevas secuencias se adaptan a partir de secuencias preexistentes en lugar de inventarse. Los dominios son el material común que utiliza la naturaleza para generar nuevas secuencias; se los puede considerar como unidades genéticamente móviles, denominadas "módulos". A menudo, los extremos C y N de los dominios están muy juntos en el espacio, lo que les permite "colocarse" fácilmente en las estructuras progenitoras durante el proceso de evolución. Muchas familias de dominios se encuentran en las tres formas de vida, Archaea , Bacteria y Eukarya . [34] Los módulos proteicos son un subconjunto de dominios proteicos que se encuentran en una variedad de proteínas diferentes con una estructura particularmente versátil. Se pueden encontrar ejemplos entre las proteínas extracelulares asociadas con la coagulación, la fibrinólisis, el complemento, la matriz extracelular, las moléculas de adhesión a la superficie celular y los receptores de citocinas. [35] Cuatro ejemplos concretos de módulos proteicos generalizados son los siguientes dominios: SH2 , inmunoglobulina , fibronectina tipo 3 y el kringle . [36]

La evolución molecular da lugar a familias de proteínas relacionadas con una secuencia y una estructura similares. Sin embargo, las similitudes de secuencia pueden ser extremadamente bajas entre proteínas que comparten la misma estructura. Las estructuras de las proteínas pueden ser similares porque las proteínas han divergido de un ancestro común. Alternativamente, algunos pliegues pueden ser más favorecidos que otros, ya que representan disposiciones estables de estructuras secundarias y algunas proteínas pueden converger hacia estos pliegues a lo largo de la evolución. Actualmente hay alrededor de 110.000 estructuras de proteínas 3D determinadas experimentalmente depositadas en el Protein Data Bank (PDB). [37] Sin embargo, este conjunto contiene muchas estructuras idénticas o muy similares. Todas las proteínas deben clasificarse en familias estructurales para comprender sus relaciones evolutivas. Las comparaciones estructurales se logran mejor a nivel de dominio. Por esta razón, se han desarrollado muchos algoritmos para asignar automáticamente dominios en proteínas con estructura 3D conocida (véase § Definición de dominio a partir de coordenadas estructurales). [ cita requerida ]

La base de datos de dominios CATH clasifica los dominios en aproximadamente 800 familias de pliegues; diez de estos pliegues están altamente poblados y se los denomina "superpliegues". Los superpliegues se definen como pliegues para los cuales hay al menos tres estructuras sin similitud de secuencia significativa. [38] El más poblado es el superpliegue de barril α/β, como se describió anteriormente.

Proteínas multidominio

La mayoría de las proteínas, dos tercios en los organismos unicelulares y más del 80% en los metazoos, son proteínas multidominio. [39] Sin embargo, otros estudios concluyeron que el 40% de las proteínas procariotas constan de múltiples dominios mientras que los eucariotas tienen aproximadamente un 65% de proteínas multidominio. [40]

Muchos dominios en proteínas multidominio eucariotas pueden encontrarse como proteínas independientes en procariotas, [41] lo que sugiere que los dominios en proteínas multidominio alguna vez existieron como proteínas independientes. Por ejemplo, los vertebrados tienen un polipéptido multienzimático que contiene los dominios GAR sintetasa , AIR sintetasa y GAR transformilasa (GARs-AIRs-GARt; GAR: glicinamida ribonucleótido sintetasa/transferasa; AIR: aminoimidazol ribonucleótido sintetasa). En insectos, el polipéptido aparece como GARs-(AIRs)2-GARt, en levaduras GARs-AIRs se codifica por separado de GARt, y en bacterias cada dominio se codifica por separado. [42]

(imagen desplazable) La proteína similar a la attractina 1 (ATRNL1) es una proteína multidominio que se encuentra en animales, incluidos los humanos. [43] [44] Cada unidad es un dominio, por ejemplo, los dominios EGF o Kelch .

Origen

Es probable que las proteínas multidominio hayan surgido a partir de una presión selectiva durante la evolución para crear nuevas funciones. Varias proteínas se han separado de ancestros comunes mediante diferentes combinaciones y asociaciones de dominios. Las unidades modulares se desplazan con frecuencia de un sistema biológico a otro, dentro de él y entre él, mediante mecanismos de redistribución genética:

Tipos de organización

Inserciones de módulos de dominio PH similares (granate) en dos proteínas diferentes.

La organización multidominio más simple observada en proteínas es la de un dominio único repetido en tándem. [46] Los dominios pueden interactuar entre sí ( interacción dominio-dominio ) o permanecer aislados, como cuentas en un hilo. La titina, una proteína muscular gigante de 30.000 residuos, comprende unos 120 dominios de tipo fibronectina-III y de tipo Ig. [47] En las serina proteasas, un evento de duplicación génica ha llevado a la formación de una enzima de dos dominios de barril β. [48] Las repeticiones han divergido tan ampliamente que no hay una similitud de secuencia obvia entre ellas. El sitio activo está ubicado en una hendidura entre los dos dominios de barril β, en la que se aportan residuos funcionalmente importantes de cada dominio. Se ha demostrado que los mutantes modificados genéticamente de la serina proteasa quimotripsina tienen cierta actividad de proteinasa a pesar de que se eliminaron los residuos de su sitio activo y, por lo tanto, se ha postulado que el evento de duplicación mejoró la actividad de la enzima. [48]

Los módulos frecuentemente muestran diferentes relaciones de conectividad, como lo ilustran las kinesinas y los transportadores ABC . El dominio motor de la kinesina puede estar en cualquier extremo de una cadena polipeptídica que incluye una región de hélice enrollada y un dominio de carga. [49] Los transportadores ABC están formados por hasta cuatro dominios que consisten en dos módulos no relacionados, un casete de unión a ATP y un módulo de membrana integral, dispuestos en varias combinaciones.

No sólo los dominios se recombinan, sino que hay muchos ejemplos de un dominio que se ha insertado en otro. Las similitudes de secuencia o estructurales con otros dominios demuestran que los homólogos de los dominios insertados y parentales pueden existir de forma independiente. Un ejemplo es el de los "dedos" insertados en el dominio "palma" dentro de las polimerasas de la familia Pol I. [50] Dado que un dominio se puede insertar en otro, siempre debe haber al menos un dominio continuo en una proteína multidominio. Esta es la principal diferencia entre las definiciones de dominios estructurales y dominios evolutivos/funcionales. Un dominio evolutivo estará limitado a una o dos conexiones entre dominios, mientras que los dominios estructurales pueden tener conexiones ilimitadas, dentro de un criterio dado de la existencia de un núcleo común. Se podrían asignar varios dominios estructurales a un dominio evolutivo. [ cita requerida ]

Un superdominio consta de dos o más dominios conservados de origen nominalmente independiente, pero que posteriormente se heredan como una sola unidad estructural/funcional. [51] Este superdominio combinado puede aparecer en diversas proteínas que no están relacionadas solo por duplicación genética. Un ejemplo de un superdominio es el par de dominios C2 de la proteína tirosina fosfatasa en PTEN , tensina , auxilina y la proteína de membrana TPTE2. Este superdominio se encuentra en proteínas de animales, plantas y hongos. Una característica clave del superdominio PTP-C2 es la conservación de residuos de aminoácidos en la interfaz del dominio.

Los dominios son unidades plegables autónomas

Plegable

El plegamiento de proteínas: un problema sin resolver  : desde el trabajo seminal de Anfinsen a principios de los años 1960, [20] el objetivo de comprender completamente el mecanismo por el cual un polipéptido se pliega rápidamente a su conformación nativa estable sigue siendo difícil de alcanzar. Muchos estudios experimentales sobre el plegamiento han contribuido mucho a nuestra comprensión, pero los principios que gobiernan el plegamiento de proteínas todavía se basan en los descubiertos en los primeros estudios sobre el plegamiento. Anfinsen demostró que el estado nativo de una proteína es termodinámicamente estable, y que la conformación se encuentra en un mínimo global de su energía libre. [ cita requerida ]

El plegamiento es una búsqueda dirigida de espacio conformacional que permite que la proteína se pliegue en una escala de tiempo biológicamente factible. La paradoja de Levinthal establece que si una proteína de tamaño promedio probara todas las conformaciones posibles antes de encontrar la que tiene la energía más baja, todo el proceso tomaría miles de millones de años. [52] Las proteínas normalmente se pliegan en un lapso de 0,1 a 1000 segundos. Por lo tanto, el proceso de plegamiento de proteínas debe dirigirse de alguna manera a través de una vía de plegamiento específica. Es probable que las fuerzas que dirigen esta búsqueda sean una combinación de influencias locales y globales cuyos efectos se sienten en varias etapas de la reacción. [53]

Los avances en estudios experimentales y teóricos han demostrado que el plegamiento puede verse en términos de paisajes energéticos, [54] [55] donde la cinética del plegamiento se considera como una organización progresiva de un conjunto de estructuras parcialmente plegadas a través de las cuales pasa una proteína en su camino hacia la estructura plegada. Esto se ha descrito en términos de un embudo de plegamiento , en el que una proteína desplegada tiene una gran cantidad de estados conformacionales disponibles y hay menos estados disponibles para la proteína plegada. Un embudo implica que para el plegamiento de proteínas hay una disminución en la energía y pérdida de entropía con el aumento de la formación de la estructura terciaria. La rugosidad local del embudo refleja trampas cinéticas, correspondientes a la acumulación de intermediarios mal plegados. Una cadena de plegamiento progresa hacia energías libres intracadena más bajas al aumentar su compacidad. Las opciones conformacionales de la cadena se estrechan cada vez más hacia una estructura nativa en última instancia.

Ventajas de los dominios en el plegamiento de proteínas

La organización de proteínas grandes mediante dominios estructurales representa una ventaja para el plegamiento de proteínas, ya que cada dominio puede plegarse individualmente, acelerando el proceso de plegamiento y reduciendo una combinación potencialmente grande de interacciones de residuos. Además, dada la distribución aleatoria observada de residuos hidrofóbicos en proteínas, [56] la formación de dominios parece ser la solución óptima para que una proteína grande entierre sus residuos hidrofóbicos mientras mantiene los residuos hidrofílicos en la superficie. [57] [58]

Sin embargo, el papel de las interacciones entre dominios en el plegamiento de proteínas y en la energía de estabilización de la estructura nativa, probablemente difiere para cada proteína. En la lisozima T4, la influencia de un dominio sobre el otro es tan fuerte que la molécula entera es resistente a la escisión proteolítica. En este caso, el plegamiento es un proceso secuencial donde se requiere que el dominio C-terminal se pliegue de forma independiente en un paso temprano, y el otro dominio requiere la presencia del dominio C-terminal plegado para el plegamiento y la estabilización. [59]

Se ha descubierto que el plegamiento de un dominio aislado puede tener lugar a la misma velocidad o, a veces, a mayor velocidad que el del dominio integrado, [60] lo que sugiere que pueden producirse interacciones desfavorables con el resto de la proteína durante el plegamiento. Varios argumentos sugieren que el paso más lento en el plegamiento de proteínas grandes es el apareamiento de los dominios plegados. [30] Esto se debe a que los dominios no están plegados de forma completamente correcta o a que los pequeños ajustes necesarios para su interacción son energéticamente desfavorables, [61] como la eliminación de agua de la interfaz del dominio.

Dominios y flexibilidad de proteínas

La dinámica de los dominios proteicos desempeña un papel fundamental en una multitud de procesos de reconocimiento y señalización molecular. Los dominios proteicos, conectados por dominios de enlace flexibles intrínsecamente desordenados, inducen alosterio de largo alcance a través de la dinámica de los dominios proteicos . Los modos dinámicos resultantes no se pueden predecir de forma general a partir de las estructuras estáticas de la proteína completa o de los dominios individuales. Sin embargo, se pueden inferir comparando diferentes estructuras de una proteína (como en la base de datos de movimientos moleculares ). También se pueden sugerir mediante el muestreo en trayectorias de dinámica molecular extensas [62] y análisis de componentes principales [63] , o se pueden observar directamente utilizando espectros [64] [65] medidos por espectroscopia de eco de espín de neutrones .

Definición de dominio a partir de coordenadas estructurales

La importancia de los dominios como bloques estructurales y elementos de la evolución ha dado lugar a muchos métodos automatizados para su identificación y clasificación en proteínas de estructura conocida. Los procedimientos automáticos para la asignación fiable de dominios son esenciales para la generación de bases de datos de dominios, especialmente a medida que aumenta el número de estructuras proteínicas conocidas. Aunque los límites de un dominio se pueden determinar mediante inspección visual, la construcción de un método automatizado no es sencilla. Los problemas surgen cuando se enfrentan dominios que son discontinuos o muy asociados. [66] El hecho de que no exista una definición estándar de lo que realmente es un dominio ha significado que las asignaciones de dominios han variado enormemente, y cada investigador ha utilizado un conjunto único de criterios. [67]

Un dominio estructural es una subestructura compacta y globular con más interacciones dentro de ella que con el resto de la proteína. [68] Por lo tanto, un dominio estructural puede determinarse por dos características visuales: su compacidad y su grado de aislamiento. [69] Las medidas de compacidad local en proteínas se han utilizado en muchos de los primeros métodos de asignación de dominios [70] [71] [72] [73] y en varios de los métodos más recientes. [28] [74] [75] [76] [77]

Métodos

Uno de los primeros algoritmos [70] utilizó un mapa de distancias Cα-Cα junto con una rutina de agrupamiento jerárquico que consideraba las proteínas como varios segmentos pequeños, de 10 residuos de longitud. Los segmentos iniciales se agruparon uno tras otro en función de las distancias entre segmentos; los segmentos con las distancias más cortas se agruparon y se consideraron segmentos individuales a partir de entonces. El agrupamiento por pasos finalmente incluyó la proteína completa. Go [73] también explotó el hecho de que las distancias entre dominios son normalmente mayores que las distancias dentro de los dominios; todas las distancias Cα-Cα posibles se representaron como gráficos diagonales en los que había patrones distintos para hélices, cadenas extendidas y combinaciones de estructuras secundarias. [ cita requerida ]

El método de Sowdhamini y Blundell agrupa las estructuras secundarias de una proteína en función de sus distancias Cα-Cα e identifica los dominios a partir del patrón en sus dendrogramas . [66] Como el procedimiento no considera la proteína como una cadena continua de aminoácidos, no hay problemas en el tratamiento de los dominios discontinuos. Los nodos específicos en estos dendrogramas se identifican como agrupaciones estructurales terciarias de la proteína, que incluyen tanto estructuras supersecundarias como dominios. El algoritmo DOMAK se utiliza para crear la base de datos de dominios 3Dee. [75] Calcula un "valor de división" a partir del número de cada tipo de contacto cuando la proteína se divide arbitrariamente en dos partes. Este valor de división es grande cuando las dos partes de la estructura son distintas. [ cita requerida ]

El método de Wodak y Janin [78] se basó en las áreas de interfaz calculadas entre dos segmentos de cadena escindidos repetidamente en varias posiciones de residuos. Las áreas de interfaz se calcularon comparando las áreas de superficie de los segmentos escindidos con las de la estructura nativa. Los límites de dominio potenciales se pueden identificar en un sitio donde el área de interfaz era mínima. Otros métodos han utilizado medidas de accesibilidad al solvente para calcular la compacidad. [28] [79] [80]

El algoritmo PUU [19] incorpora un modelo armónico utilizado para aproximar la dinámica entre dominios. El concepto físico subyacente es que se producirán muchas interacciones rígidas dentro de cada dominio y se producirán interacciones flexibles entre dominios. Este algoritmo se utiliza para definir dominios en la base de datos de dominios FSSP . [74]

Swindells (1995) desarrolló un método, DETECTIVE, para la identificación de dominios en estructuras proteínicas basándose en la idea de que los dominios tienen un interior hidrofóbico. Se encontró que se producían deficiencias cuando los núcleos hidrofóbicos de diferentes dominios continuaban a través de la región de interfaz.

RigidFinder es un nuevo método para la identificación de bloques rígidos de proteínas (dominios y bucles) de dos conformaciones diferentes. Los bloques rígidos se definen como bloques en los que se conservan todas las distancias entre residuos en las distintas conformaciones.

El método RIBFIND desarrollado por Pandurangan y Topf identifica cuerpos rígidos en estructuras proteicas mediante la realización de agrupamiento espacial de elementos estructurales secundarios en proteínas. [81] Los cuerpos rígidos RIBFIND se han utilizado para ajustar de manera flexible las estructuras proteicas en mapas de densidad de microscopía crioelectrónica . [82]

Potestio et al. [62] introdujeron un método general para identificar dominios dinámicos , es decir, regiones de proteínas que se comportan aproximadamente como unidades rígidas en el curso de fluctuaciones estructurales, y, entre otras aplicaciones, también se utilizó para comparar la consistencia de las subdivisiones de dominio basadas en dinámica con las estándar basadas en estructura. El método, denominado PiSQRD, está disponible públicamente en forma de servidor web. [83] Este último permite a los usuarios subdividir de forma óptima proteínas monocatenarias o multiméricas en dominios cuasi rígidos [62] [83] basándose en los modos colectivos de fluctuación del sistema. De forma predeterminada, estos últimos se calculan a través de un modelo de red elástica; [84] alternativamente, el usuario puede cargar espacios dinámicos esenciales precalculados.

Dominios de ejemplo

Dominios de función desconocida

Una gran fracción de dominios son de función desconocida. Un  dominio de función desconocida  (DUF) es un dominio de proteína que no tiene una función caracterizada. Estas familias se han recopilado juntas en la  base de datos Pfam utilizando el prefijo DUF seguido de un número, siendo los ejemplos DUF2992 y DUF1220. Ahora hay más de 3000 familias DUF dentro de la base de datos Pfam que representan más del 20% de las familias conocidas. [86] Sorprendentemente, el número de DUF en Pfam ha aumentado del 20% (en 2010) al 22% (en 2019), principalmente debido a un número creciente de nuevas secuencias del genoma . La versión 32.0 de Pfam (2019) contenía 3961 DUF. [87]

Véase también

Referencias

  1. ^ Xu D, Nussinov R (1 de febrero de 1998). "Tamaño de dominio favorable en proteínas". Folding & Design . 3 (1): 11–7. doi : 10.1016/S1359-0278(98)00004-2 . PMID  9502316.
  2. ^ Phillips DC (noviembre de 1966). "La estructura tridimensional de una molécula enzimática". Scientific American . 215 (5): 78–90. Bibcode :1966SciAm.215e..78P. doi :10.1038/scientificamerican1166-78. PMID  5978599. S2CID  39959172.
  3. ^ Drenth J, Jansonius JN, Koekoek R, Swen HM, Wolthers BG (junio de 1968). "Estructura de la papaína". Naturaleza . 218 (5145): 929–32. Código Bib :1968Natur.218..929D. doi :10.1038/218929a0. PMID  5681232. S2CID  4169127.
  4. ^ Porter RR (mayo de 1973). «Estudios estructurales de las inmunoglobulinas». Science . 180 (4087): 713–6. Bibcode :1973Sci...180..713P. doi :10.1126/science.180.4087.713. PMID  4122075.
  5. ^ Edelman GM (mayo de 1973). "Estructura de anticuerpos e inmunología molecular". Science . 180 (4088): 830–40. Bibcode :1973Sci...180..830E. doi :10.1126/science.180.4088.830. PMID  4540988.
  6. ^ ab Richardson JS (1981). "La anatomía y taxonomía de la estructura de las proteínas". Avances en química de proteínas . 34 : 167–339. doi :10.1016/S0065-3233(08)60520-3. ISBN 9780120342341. PMID  7020376. Archivado desde el original el 10 de febrero de 2019 . Consultado el 3 de enero de 2009 .
  7. ^ Bork P (julio de 1991). "Dominios reordenados en proteínas extracelulares". FEBS Letters . 286 (1–2): 47–54. Bibcode :1991FEBSL.286...47B. doi : 10.1016/0014-5793(91)80937-X . PMID  1864378. S2CID  22126481.
  8. ^ Wetlaufer DB (marzo de 1973). "Nucleación, plegamiento rápido y regiones globulares intracadena en proteínas". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 70 (3): 697–701. Bibcode :1973PNAS...70..697W. doi : 10.1073/pnas.70.3.697 . PMC 433338 . PMID  4351801. 
  9. ^ Chothia C (junio de 1992). "Proteínas. Mil familias para el biólogo molecular". Nature . 357 (6379): 543–4. Bibcode :1992Natur.357..543C. doi : 10.1038/357543a0 . PMID  1608464. S2CID  4355476.
  10. ^ Bakszt R, Wernimont A, Allali-Hassani A, Mok MW, Hills T, Hui R, Pizarro JC (septiembre de 2010). "La estructura cristalina de la piruvato quinasa 1 de Toxoplasma gondii". PLOS ONE . ​​5 (9): e12736. Bibcode :2010PLoSO...512736B. doi : 10.1371/journal.pone.0012736 . PMC 2939071 . PMID  20856875. 
  11. ^ George RA, Heringa J (noviembre de 2002). "Análisis de los enlaces de dominios proteicos: su clasificación y función en el plegamiento de proteínas". Ingeniería de proteínas . 15 (11): 871–9. doi : 10.1093/protein/15.11.871 . PMID  12538906.
  12. ^ "Dominios de proteínas, asignación de dominios, identificación y clasificación según las bases de datos CATH y SCOP". proteinstructures.com . Consultado el 14 de octubre de 2018 .
  13. ^ Hegyi H, Gerstein M (abril de 1999). "La relación entre la estructura y la función de las proteínas: un estudio exhaustivo con aplicación al genoma de la levadura". Journal of Molecular Biology . 288 (1): 147–64. CiteSeerX 10.1.1.217.9806 . doi :10.1006/jmbi.1999.2661. PMID  10329133. 
  14. ^ Banner DW, Bloomer AC, Petsko GA, Phillips DC, Pogson CI, Wilson IA, et al. (junio de 1975). "Estructura de la triosa fosfato isomerasa de músculo de pollo determinada cristalográficamente a una resolución de 2,5 angstroms utilizando datos de secuencia de aminoácidos". Nature . 255 (5510): 609–14. Bibcode :1975Natur.255..609B. doi :10.1038/255609a0. PMID  1134550. S2CID  4195346.
  15. ^ ab Orengo CA, Michie AD, Jones S, Jones DT, Swindells MB, Thornton JM (agosto de 1997). "CATH: una clasificación jerárquica de las estructuras de los dominios proteínicos". Structure . 5 (8): 1093–108. doi : 10.1016/S0969-2126(97)00260-8 . PMID  9309224.
  16. ^ Copley RR, Bork P (noviembre de 2000). "Homología entre barriles (betaalfa)(8): implicaciones para la evolución de las vías metabólicas". Journal of Molecular Biology . 303 (4): 627–41. doi : 10.1006/jmbi.2000.4152 . PMID  11054297.
  17. ^ Lesk AM, Brändén CI, Chothia C (1989). "Principios estructurales de las proteínas de barril alfa/beta: el empaquetamiento del interior de la lámina". Proteins . 5 (2): 139–48. doi :10.1002/prot.340050208. PMID  2664768. S2CID  15340449.
  18. ^ ab Jones S, Stewart M, Michie A, Swindells MB, Orengo C, Thornton JM (febrero de 1998). "Asignación de dominios para estructuras proteínicas utilizando un enfoque de consenso: caracterización y análisis". Protein Science . 7 (2): 233–42. doi :10.1002/pro.5560070202. PMC 2143930 . PMID  9521098. 
  19. ^ ab Holm L, Sander C (julio de 1994). "Analizador para unidades de plegamiento de proteínas". Proteins . 19 (3): 256–68. doi :10.1002/prot.340190309. PMID  7937738. S2CID  525264.
  20. ^ ab Anfinsen CB, Haber E, Sela M, White FH (septiembre de 1961). "La cinética de la formación de la ribonucleasa nativa durante la oxidación de la cadena polipeptídica reducida". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 47 (9): 1309–14. Bibcode :1961PNAS...47.1309A. doi : 10.1073/pnas.47.9.1309 . PMC 223141 . PMID  13683522. 
  21. ^ Cordes MH, Davidson AR, Sauer RT (febrero de 1996). "Espacio de secuencia, plegamiento y diseño de proteínas". Current Opinion in Structural Biology . 6 (1): 3–10. doi :10.1016/S0959-440X(96)80088-1. PMID  8696970.
  22. ^ Ghélis C, Yon JM (julio de 1979). "[Acoplamiento conformacional entre unidades estructurales. Un paso decisivo en la formación de la estructura funcional]". Cuentas Rendus de la Academia de Ciencias, Serie D. 289 (2): 197–9. PMID  117925.
  23. ^ Ostermeier M, Benkovic SJ (2000). "Evolución de la función de las proteínas mediante intercambio de dominios". Diseño evolutivo de proteínas . Avances en química de proteínas. Vol. 55. págs. 29–77. doi :10.1016/s0065-3233(01)55002-0. ISBN 9780120342556. Número de identificación personal  11050932. {{cite book}}: |journal=ignorado ( ayuda )
  24. ^ Zhou Y, Vitkup D, Karplus M (enero de 1999). "Las proteínas nativas son sólidos fundidos en la superficie: aplicación del criterio de Lindemann para el estado sólido frente al líquido". Journal of Molecular Biology . 285 (4): 1371–5. doi :10.1006/jmbi.1998.2374. PMID  9917381. S2CID  8702994.
  25. ^ Levitt M, Chothia C (junio de 1976). "Patrones estructurales en proteínas globulares". Nature . 261 (5561): 552–8. Código Bibliográfico :1976Natur.261..552L. doi :10.1038/261552a0. PMID  934293. S2CID  4154884.
  26. ^ Hutchinson EG, Thornton JM (abril de 1993). "El motivo de la clave griega: extracción, clasificación y análisis". Ingeniería de proteínas . 6 (3): 233–45. doi :10.1093/protein/6.3.233. PMID  8506258.
  27. ^ Savageau MA (marzo de 1986). "Las proteínas de Escherichia coli tienen tamaños que son múltiplos de 14 kDa: conceptos de dominio e implicaciones evolutivas". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 83 (5): 1198–202. Bibcode :1986PNAS...83.1198S. doi : 10.1073/pnas.83.5.1198 . PMC 323042 . PMID  3513170. 
  28. ^ abc Islam SA, Luo J, Sternberg MJ (junio de 1995). "Identificación y análisis de dominios en proteínas". Ingeniería de proteínas . 8 (6): 513–25. doi :10.1093/protein/8.6.513. PMID  8532675.
  29. ^ Wheelan SJ, Marchler-Bauer A, Bryant SH (julio de 2000). "Las distribuciones de tamaño de dominio pueden predecir los límites de dominio". Bioinformática . 16 (7): 613–8. doi : 10.1093/bioinformatics/16.7.613 . PMID  11038331.
  30. ^ ab Garel, J. (1992). "Plegamiento de proteínas grandes: proteínas multidominio y multisubunidad". En Creighton, T. (ed.). Plegamiento de proteínas (primera edición). Nueva York: WH Freeman and Company. págs. 405–454. ISBN 978-0-7167-7027-5.
  31. ^ Bennett MJ, Schlunegger MP, Eisenberg D (diciembre de 1995). "Intercambio de dominios 3D: un mecanismo para el ensamblaje de oligómeros". Protein Science . 4 (12): 2455–68. doi :10.1002/pro.5560041202. PMC 2143041 . PMID  8580836. 
  32. ^ Heringa J, Taylor WR (junio de 1997). "Duplicación, intercambio y robo de dominios tridimensionales". Current Opinion in Structural Biology . 7 (3): 416–21. doi :10.1016/S0959-440X(97)80060-7. PMID  9204285.
  33. ^ Jacob F (junio de 1977). "Evolución y experimentación". Science . 196 (4295): 1161–6. Bibcode :1977Sci...196.1161J. doi :10.1126/science.860134. PMID  860134. S2CID  29756896.
  34. ^ Ren S, Yang G, He Y, Wang Y, Li Y, Chen Z (octubre de 2008). "El patrón de conservación de motivos lineales cortos está altamente correlacionado con la función de los dominios proteicos que interactúan". BMC Genomics . 9 : 452. doi : 10.1186/1471-2164-9-452 . PMC 2576256 . PMID  18828911. 
  35. ^ Campbell ID, Downing AK (mayo de 1994). "Construcción de la estructura y función de las proteínas a partir de unidades modulares". Tendencias en biotecnología . 12 (5): 168–72. doi :10.1016/0167-7799(94)90078-7. PMID  7764899.
  36. ^ Bruce, Alberts (18 de noviembre de 2014). Biología molecular de la célula (sexta edición). Nueva York, NY. ISBN 9780815344322.OCLC 887605755  .{{cite book}}: Mantenimiento de CS1: falta la ubicación del editor ( enlace )
  37. ^ wwPDB.org. «wwPDB: Banco Mundial de Datos de Proteínas». www.pdb.org . Archivado desde el original el 7 de abril de 2015. Consultado el 25 de julio de 2007 .
  38. ^ Orengo CA, Jones DT, Thornton JM (diciembre de 1994). "Superfamilias de proteínas y superplegamiento de dominios". Nature . 372 (6507): 631–4. Bibcode :1994Natur.372..631O. doi :10.1038/372631a0. PMID  7990952. S2CID  4330359.
  39. ^ Apic G, Gough J, Teichmann SA (julio de 2001). "Combinaciones de dominios en proteomas arqueales, eubacterianos y eucariotas". Journal of Molecular Biology . 310 (2): 311–25. doi :10.1006/jmbi.2001.4776. PMID  11428892. S2CID  11894663.
  40. ^ Ekman D, Björklund AK, Frey-Skött J, Elofsson A (abril de 2005). "Proteínas multidominio en los tres reinos de la vida: dominios huérfanos y otras regiones no asignadas". Journal of Molecular Biology . 348 (1): 231–43. doi :10.1016/j.jmb.2005.02.007. PMID  15808866.
  41. ^ Davidson JN, Chen KC, Jamison RS, Musmanno LA, Kern CB (marzo de 1993). "La historia evolutiva de las tres primeras enzimas en la biosíntesis de pirimidina". BioEssays . 15 (3): 157–64. doi :10.1002/bies.950150303. PMID  8098212. S2CID  24897614.
  42. ^ Henikoff S, Greene EA, Pietrokovski S, Bork P, Attwood TK, Hood L (octubre de 1997). "Familias de genes: la taxonomía de los parálogos y quimeras de proteínas". Science . 278 (5338): 609–14. Bibcode :1997Sci...278..609H. CiteSeerX 10.1.1.562.2262 . doi :10.1126/science.278.5338.609. PMID  9381171. 
  43. ^ Walker WP, Aradhya S, Hu CL, Shen S, Zhang W, Azarani A, et al. (Diciembre de 2007). "Análisis genético de homólogos de atractina". Génesis . 45 (12): 744–56. doi :10.1002/dvg.20351. PMID  18064672. S2CID  20878849.
  44. ^ "SMART: Página principal". smart.embl.de . Consultado el 1 de enero de 2017 .
  45. ^ Bork P, Doolittle RF (octubre de 1992). "Propuesta de adquisición de un dominio proteico animal por bacterias". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 89 (19): 8990–4. Bibcode :1992PNAS...89.8990B. doi : 10.1073/pnas.89.19.8990 . PMC 50050 . PMID  1409594. 
  46. ^ Heringa J (junio de 1998). "Detección de repeticiones internas: ¿cuán comunes son?". Current Opinion in Structural Biology . 8 (3): 338–45. doi :10.1016/S0959-440X(98)80068-7. PMID  9666330.
  47. ^ Politou AS, Gautel M, Improta S, Vangelista L, Pastore A (febrero de 1996). "La región de banda I elástica de la titina se ensambla de manera "modular" mediante dominios similares a Ig que interactúan débilmente". Journal of Molecular Biology . 255 (4): 604–16. doi :10.1006/jmbi.1996.0050. PMID  8568900.
  48. ^ ab McLachlan AD (febrero de 1979). "Duplicaciones de genes en la evolución estructural de la quimotripsina". Journal of Molecular Biology . 128 (1): 49–79. doi :10.1016/0022-2836(79)90308-5. PMID  430571.
  49. ^ Moore JD, Endow SA (marzo de 1996). "Proteínas kinesinas: un filo de motores para la motilidad basada en microtúbulos". BioEssays . 18 (3): 207–19. doi :10.1002/bies.950180308. PMID  8867735. S2CID  46012215.
  50. ^ Russell RB (diciembre de 1994). "Inserción de dominio". Ingeniería de proteínas . 7 (12): 1407–10. doi :10.1093/protein/7.12.1407. PMID  7716150.
  51. ^ Haynie DT, Xue B (mayo de 2015). "Superdominios en la jerarquía de la estructura de proteínas: el caso de PTP-C2". Protein Science . 24 (5): 874–82. doi :10.1002/pro.2664. PMC 4420535 . PMID  25694109. 
  52. ^ Levinthal C (1968). "¿Existen vías para el plegamiento de proteínas?" (PDF) . J Chim Phys . 65 : 44–45. Bibcode :1968JCP....65...44L. doi :10.1051/jcp/1968650044. Archivado desde el original (PDF) el 2 de septiembre de 2009.
  53. ^ Dill KA (junio de 1999). "Principios de los polímeros y plegamiento de proteínas". Protein Science . 8 (6): 1166–80. doi :10.1110/ps.8.6.1166. PMC 2144345 . PMID  10386867. 
  54. ^ Leopold PE, Montal M, Onuchic JN (septiembre de 1992). "Embudos de plegamiento de proteínas: un enfoque cinético de la relación secuencia-estructura". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 89 (18): 8721–5. Bibcode :1992PNAS...89.8721L. doi : 10.1073/pnas.89.18.8721 . PMC 49992 . PMID  1528885. 
  55. ^ Dill KA, Chan HS (enero de 1997). "De Levinthal a las vías y a los embudos". Nature Structural Biology . 4 (1): 10–9. doi :10.1038/nsb0197-10. PMID  8989315. S2CID  11557990.
  56. ^ White SH, Jacobs RE (abril de 1990). "Distribución estadística de residuos hidrófobos a lo largo de la longitud de las cadenas proteínicas. Implicaciones para el plegamiento y la evolución de las proteínas". Biophysical Journal . 57 (4): 911–21. Bibcode :1990BpJ....57..911W. doi :10.1016/S0006-3495(90)82611-4. PMC 1280792 . PMID  2188687. 
  57. ^ George RA, Heringa J (febrero de 2002). "SnapDRAGON: un método para delinear dominios estructurales de proteínas a partir de datos de secuencia". Journal of Molecular Biology . 316 (3): 839–51. CiteSeerX 10.1.1.329.2921 . doi :10.1006/jmbi.2001.5387. PMID  11866536. 
  58. ^ George RA, Lin K, Heringa J (julio de 2005). "Dominio Scooby: predicción de dominios globulares en secuencias proteínicas". Nucleic Acids Research . 33 (edición del servidor web): W160-3. doi :10.1093/nar/gki381. PMC 1160142 . PMID  15980446. 
  59. ^ Desmadril M, Yon JM (julio de 1981). "Existencia de intermediarios en el replegamiento de la lisozima T4 a pH 7,4". Biochemical and Biophysical Research Communications . 101 (2): 563–9. doi :10.1016/0006-291X(81)91296-1. PMID  7306096.
  60. ^ Teale JM, Benjamin DC (julio de 1977). "Anticuerpo como sonda inmunológica para estudiar el replegamiento de la albúmina sérica bovina. Replegamiento dentro de cada dominio". The Journal of Biological Chemistry . 252 (13): 4521–6. doi : 10.1016/S0021-9258(17)40192-X . PMID  873903.
  61. ^ Creighton, TE (1983). Proteínas: estructuras y propiedades moleculares . Freeman, Nueva York. Segunda edición.
  62. ^ abc Potestio R, Pontiggia F, Micheletti C (junio de 2009). "Descripción de grano grueso de la dinámica interna de las proteínas: una estrategia óptima para descomponer las proteínas en subunidades rígidas". Biophysical Journal . 96 (12): 4993–5002. Bibcode :2009BpJ....96.4993P. doi :10.1016/j.bpj.2009.03.051. PMC 2712024 . PMID  19527659. 
  63. ^ Baron R, Vellore NA (julio de 2012). "LSD1/CoREST es una pinza alostérica a escala nanométrica regulada por el reconocimiento molecular de la cola de histona H3". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 109 (31): 12509–14. Bibcode :2012PNAS..10912509B. doi : 10.1073/pnas.1207892109 . PMC 3411975 . PMID  22802671. 
  64. ^ Farago B, Li J, Cornilescu G, Callaway DJ, Bu Z (noviembre de 2010). "Activación del movimiento del dominio de proteína alostérica a nanoescala revelada por espectroscopia de eco de espín de neutrones". Revista Biofísica . 99 (10): 3473–82. Código Bib : 2010BpJ....99.3473F. doi :10.1016/j.bpj.2010.09.058. PMC 2980739 . PMID  21081097. 
  65. ^ Bu Z, Biehl R, Monkenbusch M, Richter D, Callaway DJ (diciembre de 2005). "Movimiento de dominios proteicos acoplados en la polimerasa Taq revelado por espectroscopia de eco de espín de neutrones". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 102 (49): 17646–51. Bibcode :2005PNAS..10217646B. doi : 10.1073/pnas.0503388102 . PMC 1345721 . PMID  16306270. 
  66. ^ ab Sowdhamini R, Blundell TL (marzo de 1995). "Un método automático que implica análisis de grupos de estructuras secundarias para la identificación de dominios en proteínas". Protein Science . 4 (3): 506–20. doi :10.1002/pro.5560040317. PMC 2143076 . PMID  7795532. 
  67. ^ Swindells MB (enero de 1995). "Un procedimiento para detectar dominios estructurales en proteínas". Protein Science . 4 (1): 103–12. doi :10.1002/pro.5560040113. PMC 2142966 . PMID  7773168. 
  68. ^ Janin J, Wodak SJ (1983). "Dominios estructurales en proteínas y su papel en la dinámica de la función proteica". Progreso en biofísica y biología molecular . 42 (1): 21–78. doi : 10.1016/0079-6107(83)90003-2 . PMID  6353481.
  69. ^ Tsai CJ, Nussinov R (enero de 1997). "Unidades de plegamiento hidrofóbico derivadas de estructuras monoméricas diferentes y sus interacciones". Protein Science . 6 (1): 24–42. doi :10.1002/pro.5560060104. PMC 2143523 . PMID  9007974. 
  70. ^ ab Crippen GM (diciembre de 1978). "La organización estructural arbórea de las proteínas". Journal of Molecular Biology . 126 (3): 315–32. doi :10.1016/0022-2836(78)90043-8. PMID  745231.
  71. ^ Rossmann MG, Moras D, Olsen KW (julio de 1974). "Evolución química y biológica de la proteína de unión a nucleótidos". Nature . 250 (463): 194–9. Bibcode :1974Natur.250..194R. doi :10.1038/250194a0. PMID  4368490. S2CID  4273028.
  72. ^ Rose GD (noviembre de 1979). "Organización jerárquica de dominios en proteínas globulares". Journal of Molecular Biology . 134 (3): 447–70. doi :10.1016/0022-2836(79)90363-2. PMID  537072.
  73. ^ ab Go N, Taketomi H (febrero de 1978). "Funciones respectivas de las interacciones de corto y largo alcance en el plegamiento de proteínas". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 75 (2): 559–63. Bibcode :1978PNAS...75..559G. doi : 10.1073/pnas.75.2.559 . PMC 411294 . PMID  273218. 
  74. ^ ab Holm L, Sander C (enero de 1997). "Clasificación Dali/FSSP de pliegues proteicos tridimensionales". Nucleic Acids Research . 25 (1): 231–4. doi :10.1093/nar/25.1.231. PMC 146389 . PMID  9016542. 
  75. ^ ab Siddiqui AS, Barton GJ (mayo de 1995). "Dominios continuos y discontinuos: un algoritmo para la generación automática de definiciones de dominios proteicos fiables". Protein Science . 4 (5): 872–84. doi :10.1002/pro.5560040507. PMC 2143117 . PMID  7663343. 
  76. ^ Zehfus MH (junio de 1997). "Identificación de dominios y módulos compactos, estabilizados hidrofóbicamente, que contienen múltiples cadenas de péptidos". Protein Science . 6 (6): 1210–9. doi :10.1002/pro.5560060609. PMC 2143719 . PMID  9194181. 
  77. ^ Taylor WR (marzo de 1999). "Identificación del dominio estructural de proteínas". Ingeniería de proteínas . 12 (3): 203–16. doi : 10.1093/protein/12.3.203 . PMID  10235621.
  78. ^ Wodak SJ, Janin J (noviembre de 1981). "Ubicación de dominios estructurales en proteínas". Bioquímica . 20 (23): 6544–52. doi :10.1021/bi00526a005. PMID  7306523.
  79. ^ Rashin, 1985 [ cita completa necesaria ]
  80. ^ Zehfus MH, Rose GD (septiembre de 1986). "Unidades compactas en proteínas". Bioquímica . 25 (19): 5759–65. doi :10.1021/bi00367a062. PMID  3778881.
  81. ^ Pandurangan AP, Topf M (septiembre de 2012). "RIBFIND: un servidor web para identificar cuerpos rígidos en estructuras proteínicas y facilitar el ajuste flexible en mapas crioelectrónicos" (PDF) . Bioinformática . 28 (18): 2391–3. doi :10.1093/bioinformatics/bts446. PMID  22796953.
  82. ^ Pandurangan AP, Topf M (febrero de 2012). "Encontrar cuerpos rígidos en estructuras proteicas: aplicación al ajuste flexible en mapas crioEM". Journal of Structural Biology . 177 (2): 520–31. doi :10.1016/j.jsb.2011.10.011. PMID  22079400.
  83. ^ ab Aleksiev T, Potestio R, Pontiggia F, Cozzini S, Micheletti C (octubre de 2009). "PiSQRD: un servidor web para descomponer proteínas en dominios dinámicos cuasi-rígidos". Bioinformática . 25 (20): 2743–4. doi : 10.1093/bioinformatics/btp512 . PMID  19696046. S2CID  28106759.
  84. ^ Micheletti, C., Carloni, P. y Maritan, A. Descripción precisa y eficiente de la dinámica vibracional de las proteínas: comparación de la dinámica molecular y los modelos gaussianos, Proteins, 55, 635, 2004.
  85. ^ Barclay AN (agosto de 2003). "Proteínas de membrana con dominios similares a inmunoglobulinas: una superfamilia maestra de moléculas de interacción". Seminarios en inmunología . 15 (4): 215–23. doi :10.1016/S1044-5323(03)00047-2. PMID  14690046.
  86. ^ Bateman A, Coggill P, Finn RD (octubre de 2010). "DUFs: familias en busca de función". Acta Crystallographica. Sección F, Biología estructural y cristalización. Comunicaciones . 66 (Pt 10): 1148–52. doi :10.1107/S1744309110001685. PMC 2954198. PMID  20944204 . 
  87. ^ El-Gebali S, Mistry J, Bateman A, Eddy SR, Luciani A, Potter SC, et al. (enero de 2019). "Base de datos de familias de proteínas Pfam en 2019". Investigación de ácidos nucleicos . 47 (D1): D427–D432. doi :10.1093/nar/gky995. PMC 6324024 . PMID  30357350. 

Documentos clave

Enlaces externos

Wikimedia Commons alberga una categoría multimedia sobre Dominios proteicos .

Bases de datos de dominio estructural

Bases de datos de dominios de secuencia

Bases de datos de dominio funcional