El dominio SRC Homology 3 (o dominio SH3 ) es un pequeño dominio proteico de aproximadamente 60 residuos de aminoácidos . Inicialmente, SH3 se describió como una secuencia conservada en la proteína adaptadora viral v-Crk. Este dominio también está presente en las moléculas de fosfolipasa y en varias tirosina quinasas citoplasmáticas como Abl y Src . [1] [2] También se ha identificado en varias otras familias de proteínas, como: PI3 quinasa , proteína activadora de Ras GTPasa , CDC24 y cdc25 . [3] [4] [5] Los dominios SH3 se encuentran en proteínas de las vías de señalización que regulan el citoesqueleto , la proteína Ras y la quinasa Src y muchas otras. Las proteínas SH3 interactúan con proteínas adaptadoras y tirosina quinasas. Al interactuar con las tirosina quinasas, las proteínas SH3 generalmente se unen lejos del sitio activo . Aproximadamente 300 dominios SH3 se encuentran en proteínas codificadas en el genoma humano. Además de eso, el dominio SH3 era responsable de controlar las interacciones proteína-proteína en las vías de transducción de señales [6] y de regular las interacciones de las proteínas involucradas en la señalización citoplasmática. [7]
El dominio SH3 tiene un pliegue de barril beta característico que consta de cinco o seis hebras β dispuestas como dos láminas β antiparalelas muy empaquetadas . Las regiones enlazadoras pueden contener hélices cortas. El pliegue tipo SH3 es un pliegue antiguo que se encuentra tanto en eucariotas como en procariotas. [8]
El dominio SH3 clásico generalmente se encuentra en proteínas que interactúan con otras proteínas y median en el ensamblaje de complejos proteicos específicos, generalmente mediante la unión a péptidos ricos en prolina en sus respectivas parejas de unión. Los dominios SH3 clásicos están restringidos en humanos a proteínas intracelulares, aunque la pequeña familia de proteínas extracelulares MIA humana también contiene un dominio con un pliegue similar a SH3.
Muchos epítopos de proteínas que se unen a SH3 tienen una secuencia consenso que se puede representar como una expresión regular o un motivo lineal corto :
-XPpXP- 1 2 3 4 5
siendo 1 y 4 aminoácidos alifáticos , 2 y 5 siempre y 3 a veces prolina. La secuencia se une al bolsillo hidrofóbico del dominio SH3. Más recientemente, se han descrito dominios SH3 que se unen a un motivo de consenso central RxxK. Algunos ejemplos son los dominios SH3 C-terminal de proteínas adaptadoras como Grb2 y Mona (también conocidas como Gads, Grap2, Grf40, GrpL, etc.). Han surgido y siguen surgiendo otros motivos de unión a SH3 en el curso de diversos estudios moleculares, lo que destaca la versatilidad de este dominio.
Las redes de interacción proteína-proteína mediadas por el dominio SH3, es decir , los interactomas SH3, revelaron que el interactoma SH3 del gusano se parece a la red análoga de la levadura porque está significativamente enriquecido en proteínas con funciones en la endocitosis. [9] [10] Sin embargo, las interacciones ortólogas mediadas por el dominio SH3 están altamente reconfiguradas entre el gusano y la levadura. [9]