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Base de datos de movimientos moleculares

La base de datos de movimientos macromoleculares es una base de datos bioinformática y una herramienta de software como servicio que intenta categorizar los movimientos macromoleculares , a veces también conocidos como cambio conformacional . [4] [5] [6] Fue desarrollada originalmente por Mark B. Gerstein , Werner Krebs y Nat Echols en el Departamento de Biofísica y Bioquímica Molecular de la Universidad de Yale . [7] [8]

Discusión

Desde su introducción a fines de la década de 1990, los artículos revisados ​​por pares sobre la base de datos han recibido miles de citas. [9] [10] La base de datos ha sido mencionada en artículos de noticias en importantes revistas científicas, [4] [6] capítulos de libros, [5] y en otros lugares. [7] [8]

Los usuarios pueden buscar en la base de datos un movimiento en particular ya sea por nombre de proteína o por número de identificación del Protein Data Bank . [1] Sin embargo, normalmente los usuarios ingresarán a la base de datos a través del Protein Data Bank , que a menudo proporciona un hipervínculo a la entrada molmovdb para las proteínas que se encuentran en ambas bases de datos.

La base de datos incluye una herramienta basada en la web (el servidor Morph) que permite a los no expertos animar y visualizar ciertos tipos de cambios conformacionales de proteínas mediante la generación de películas cortas. Este sistema utiliza técnicas de modelado molecular para interpolar los cambios estructurales entre dos conformadores de proteínas diferentes y generar un conjunto de estructuras intermedias. Luego se envía por correo electrónico al usuario un hipervínculo que apunta a los resultados de la transformación. [3]

El servidor Morph fue originalmente principalmente una herramienta de investigación en lugar de una herramienta de animación molecular general, y por lo tanto ofrecía solo un control de usuario limitado sobre la representación, los parámetros de animación, el color y el punto de vista, y los métodos originales a veces requerían una buena cantidad de tiempo de CPU para completarse. [11] Desde su introducción inicial en 1996, la base de datos y el servidor Morph asociado han experimentado un desarrollo para tratar de abordar algunas de estas deficiencias [2] [12] así como agregar nuevas características, como el análisis del modo normal . [13] Otros campos de investigación han desarrollado posteriormente sistemas alternativos, como MovieMaker Archivado el 24 de enero de 2016 en Wayback Machine de la Universidad de Alberta . [11]

Comercialización

El proveedor de bioinformática DNASTAR ha incorporado morfos de la base de datos a su producto comercial Protean3D. [14] [15] La conexión entre DNASTAR y los autores de la base de datos, si la hay, no está inmediatamente clara.

Véase también

Notas

Referencias

  1. ^ ab Gerstein M, Krebs W (septiembre de 1998). "Una base de datos de movimientos macromoleculares". Nucleic Acids Res . 26 (18): 4280–90. doi :10.1093/nar/26.18.4280. PMC 147832 . PMID  9722650. 
  2. ^ ab Flores, S; Echols, N; Milburn, D; Hespenheide, B; Keating, K; Lu, J; Wells, S; Yu, EZ; Thorpe, M; Gerstein, M (2006). "La base de datos de movimientos macromoleculares: nuevas características añadidas en la marca de la década". Nucleic Acids Research . 34 (número de la base de datos): D296–301. doi :10.1093/nar/gkj046. PMC 1347409 . PMID  16381870. 
  3. ^ ab Krebs WG, Gerstein M (abril de 2000). "ENCUESTA Y RESUMEN: El servidor morph: un sistema estandarizado para analizar y visualizar movimientos macromoleculares en un marco de base de datos". Nucleic Acids Res . 28 (8): 1665–75. doi :10.1093/nar/28.8.1665. PMC 102811 . PMID  10734184. 
  4. ^ ab "Hot Picks". Science . 284 (5416): 871b–871. 1999-05-07. doi :10.1126/science.284.5416.871b. ISSN  0036-8075. S2CID  220104660.
  5. ^ ab Bourne PE, Helge W, eds. (2003). Bioinformática Estructural . Hoboken, Nueva Jersey: Wiley-Liss. pag. 229.ISBN​ 978-0-471-20199-1.OCLC 50199108  .
  6. ^ ab Bourne, PE; Murray-Rust, J; Lakey JH (febrero de 1999). "Interacciones proteína-ácido nucleico Plegado y unión Web alert". Current Opinion in Structural Biology . 9 (1): 9–10. doi :10.1016/S0959-440X(99)90000-3.
  7. ^ ab "Morphs". Proteopeida . Consultado el 30 de octubre de 2015 .
  8. ^ ab Borner (ed.). Herramientas de gestión y visualización del conocimiento en apoyo del descubrimiento (informe del taller de la NSF) (PDF) (Informe). Taller de la Fundación Nacional de Ciencias. p. 5. Archivado desde el original (PDF) el 2016-03-04 . Consultado el 2015-12-26 .
  9. ^ "Mark Gerstein - Citas de Google Académico". scholar.google.com . Consultado el 26 de diciembre de 2015 .
  10. ^ "Werner G. Krebs - Citas de Google Académico". scholar.google.com . Consultado el 26 de diciembre de 2015 .
  11. ^ ab Maiti R, Van Domselaar GH, Wishart DS (julio de 2005). "MovieMaker: un servidor web para la representación rápida de movimientos e interacciones de proteínas". Nucleic Acids Res . 33 (edición del servidor web): W358–62. doi :10.1093/nar/gki485. PMC 1160245 . PMID  15980488. 
  12. ^ Alexandrov V, Gerstein M (enero de 2004). "Uso de modelos ocultos de Markov en 3D que representan explícitamente coordenadas espaciales para modelar y comparar estructuras de proteínas". BMC Bioinformatics . 5 : 2. doi : 10.1186/1471-2105-5-2 . PMC 344530 . PMID  14715091. 
  13. ^ Alexandrov V, Lehnert U, Echols N, Milburn D, Engelman D, Gerstein M (marzo de 2005). "Modos normales para predecir los movimientos de las proteínas: una evaluación integral de la base de datos y una herramienta web asociada". Protein Sci . 14 (3): 633–43. doi :10.1110/ps.04882105. PMC 2279292 . PMID  15722444. 
  14. ^ "La biblioteca de movimiento en la documentación de Protean3D". www.dnastar.com . Consultado el 13 de noviembre de 2015 .
  15. ^ "Descripción general de Protean3D" www.dnastar.com . Consultado el 13 de noviembre de 2015 .

Enlaces externos