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Dendrograma

Dendrograma de un agrupamiento jerárquico (UPGMA) con la altura de los nodos (adaptado de datos de secuencia de ARNr 5S bacteriano [1] ).
Salida del dendrograma para la agrupación jerárquica de provincias marinas utilizando la presencia/ausencia de especies de esponjas. [2]
Dendrograma del árbol de la vida . Este árbol filogenético está adaptado del análisis de ARNr de Woese et al. [3] La línea vertical en la parte inferior representa el último ancestro común universal (LUCA).
Mapa de calor de datos de RNA-Seq que muestra dos dendrogramas en los márgenes izquierdo y superior.

Un dendrograma es un diagrama que representa un árbol . Esta representación diagramática se utiliza con frecuencia en diferentes contextos:

El nombre dendrograma deriva de dos palabras griegas antiguas: δένδρον ( déndron ), que significa "árbol", y γράμμα ( grámma ), que significa "dibujo, figura matemática". [7] [8]

Ejemplo de agrupamiento

Para un ejemplo de agrupamiento, supongamos que cinco taxones ( a ) han sido agrupados por UPGMA basándose en una matriz de distancias genéticas . El dendrograma de agrupamiento jerárquico mostraría una columna de cinco nodos que representan los datos iniciales (aquí, taxones individuales), y los nodos restantes representan los grupos a los que pertenecen los datos, con las flechas representando la distancia (disimilitud). La distancia entre los grupos fusionados es monótona, aumentando con el nivel de la fusión: la altura de cada nodo en el gráfico es proporcional al valor de la disimilitud intergrupal entre sus dos hijos (los nodos de la derecha representan observaciones individuales, todas graficadas a altura cero).

Véase también

Referencias

Citas

  1. ^ Swofford DL, Olsen GJ, Waddell PJ, Hillis DM (1996). "Inferencia filogenética". En Hillis DM, Moritz C, Mable BK (eds.). Molecular Systematics, 2.ª edición . Sunderland, MA: Sinauer. págs. 407–514. ISBN 9780878932825.
  2. ^ Van Soest R, Boury-Esnault N, Vacelet J, Dohrmann M, Erpenbeck D, De Voogd N, Santodomingo N, Vanhoorne B, Kelly M, Hooper J (2012). "Diversidad global de esponjas (Porifera)". MÁS UNO . 7 (4): e35105. Código Bib : 2012PLoSO...735105V. doi : 10.1371/journal.pone.0035105 . PMC 3338747 . PMID  22558119. 
  3. ^ Woese, Carl R. ; Kandler, O ; Wheelis, M (1990). "Hacia un sistema natural de organismos: propuesta para los dominios Archaea, Bacteria y Eucarya" (PDF) . Proc Natl Acad Sci USA . 87 (12): 4576–4579. Bibcode :1990PNAS...87.4576W. doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . PMC 54159 . PMID  2112744. 
  4. ^ Everitt, Brian (1998). Diccionario de estadística . Cambridge, Reino Unido: Cambridge University Press. pág. 96. ISBN. 0-521-59346-8.
  5. ^ Wilkinson, Leland; Friendly, Michael (mayo de 2009). "La historia del mapa de calor de los clústeres". The American Statistician . 63 (2): 179–184. CiteSeerX 10.1.1.165.7924 . doi :10.1198/tas.2009.0033. S2CID  122792460. 
  6. ^ "Árbol filogenético (biología)". Enciclopedia Británica . Consultado el 22 de octubre de 2018 .
  7. ^ Bailly, Anatole (1 de enero de 1981). Abrégé du dictionnaire grec français . París: Hachette. ISBN 2010035283.OCLC 461974285  .
  8. ^ Bailly, Anatole. «Diccionario griego-francés en línea». www.tabularium.be . Consultado el 20 de octubre de 2018 .

Fuentes

Enlaces externos