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Julian Gough (científico)

Julian John Thurstan Gough (nacido en 1974) [2] fue líder de grupo en el Laboratorio de Biología Molecular (LMB) del Consejo de Investigación Médica (MRC). [1] [7] [8] Anteriormente fue [ ¿cuándo? ] profesor de bioinformática en la Universidad de Bristol . [9]

Educación

Gough se formó en la Perse School [10] de Cambridge y en la Universidad de Bristol , donde obtuvo una licenciatura conjunta en Matemáticas y Física en 1998. [9] [10] Continuó hasta completar su doctorado en el Laboratorio de Biología Molecular (LMB) supervisado por Cyrus Chothia sobre análisis del genoma y estructura de proteínas como estudiante de posgrado del Sidney Sussex College, Cambridge , graduándose en 2001. [5]

Carrera e investigación

Tras su doctorado, Gough completó una investigación postdoctoral en el LMB y la Universidad de Stanford , con Michael Levitt . Posteriormente, fue científico en RIKEN en Tokio antes de ser nombrado miembro de la facultad de la Universidad de Bristol , donde ha trabajado desde 2007. [10] También ha sido científico visitante en el Instituto Pasteur de París y profesor asociado en la Universidad Médica y Dental de Tokio . [9]

Los intereses de investigación de Gough son la bioinformática , la biología computacional , la biología molecular y la genómica [1], lo que ha llevado a la creación de la base de datos Superfamily [11] [12] de modelos ocultos de Markov (HMM) que representan todas las proteínas de estructura conocida. Su investigación se ha publicado en importantes revistas científicas revisadas por pares , entre ellas Nature , [13] [14] Science , [15] [16] Cell , [17] Nucleic Acids Research , [18] [19] [20 ] [ 21] [22] PNAS , [23] [24] Biochemical Journal , [25] Journal of Molecular Biology , [26] [27] [28] Genome Research , [29] Bioinformatics , [30] PLOS Genetics , [31] Nature Genetics [32] y Journal of Bacteriology . [33]

La investigación de Gough ha sido financiada por el Consejo de Investigación en Biotecnología y Ciencias Biológicas (BBSRC), el Consejo de Investigación en Ingeniería y Ciencias Físicas (EPSRC), el Consejo de Investigación del Medio Ambiente Natural (NERC), [34] el Séptimo Programa Marco de Investigación (7PM) de la Unión Europea (UE) , la Sociedad Japonesa para la Promoción de la Ciencia (JSPS) y la Royal Society de Londres. [9]

Referencias

  1. ^ abc Publicaciones de Julian Gough indexadas por Google Scholar
  2. ^ abcd "Julian GOUGH". Londres: Companies House, Gobierno del Reino Unido. Archivado desde el original el 18 de julio de 2016.
  3. ^ "Genetrainer (genetically controlled fitness) in the running for major technology award" (Genetrainer (aptitud física guiada genéticamente) en la carrera por un importante premio tecnológico). Universidad de Bristol. 3 de junio de 2013. Archivado desde el original el 11 de noviembre de 2014.
  4. ^ Julian Gough en el Proyecto de Genealogía Matemática
  5. ^ ab Gough, Julian (2001). Modelos ocultos de Markov y su aplicación al análisis del genoma en el contexto de la estructura de proteínas (PDF) (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC  879396947. EThOS  599547. Archivado desde el original (PDF) el 11 de marzo de 2015.
  6. ^ "Catálogo de tesis de la Biblioteca Universitaria: Julian John Thurstan Gough". Universidad de Cambridge. Archivado desde el original el 15 de abril de 2015.
  7. ^ Julian Gough en el servidor de bibliografía DBLP
  8. ^ Publicaciones de Julian Gough indexadas en la base de datos bibliográfica Scopus . (requiere suscripción)
  9. ^ abcd "Computational Genomics Group: Professor Julian Gough". Universidad de Bristol. Archivado desde el original el 11 de marzo de 2015.
  10. ^ abc "Perfil de Julian Gough". LinkedIn . Archivado desde el original el 15 de abril de 2015.
  11. ^ Gough, J.; Chothia, C. (2002). "SUPERFAMILIA: HMM que representan todas las proteínas de estructura conocida. Búsquedas de secuencias SCOP, alineaciones y asignaciones de genoma". Investigación de ácidos nucleicos . 30 (1): 268–272. doi :10.1093/nar/30.1.268. PMC 99153 . PMID  11752312. 
  12. ^ De Lima Morais, DA; Fang, H.; Rackham, OJL; Wilson, D.; Pethica, R.; Chothia, C. ; Gough, J. (2010). "SUPERFAMILY 1.75 incluyendo un método de ontología génica centrado en el dominio". Nucleic Acids Research . 39 (número de la base de datos): D427–D434. doi :10.1093/nar/gkq1130. PMC 3013712 . PMID  21062816. 
  13. ^ Consorcio FANTOM y RIKEN PMI y CLST (DGT); Forrest, AR; Kawaji, H; Rehli, M; Baillie, JK; De Hoon, MJ; Haberle, V; Lassmann, T; Kulakovskiy, IV; Lizio, M; Itoh, M; Andersson, R; Mungall, CJ; Meehan, TF; Schmeier, S; Bertín, N; Jorgensen, M; Dimont, E; Arner, E; Schmidl, C; Schaefer, U; Medvedeva, YA; Plessy, C; Vitezic, M; Severin, J; Simple, C; Ishizu, Y; Joven, RS; Francescatto, M; et al. (2014). "Un atlas de expresión de mamíferos a nivel de promotor". Naturaleza . 507 (7493): 462–70. Código Bibliográfico : 2014Natur.507..462T. doi :10.1038 / nature13182. PMC 4529748. PMID  24670764. 
  14. ^ Okazaki, Y.; Furuno, M.; Kasukawa, T.; Adachi, J.; Bono, H.; Kondo, S.; Nikaido, I.; Osato, N.; Saito, R.; Suzuki, H.; Yamanaka, I.; Kiyosawa, H.; Yagi, K.; Tomaru, Y.; Hasegawa, Y.; Nogami, A.; Schönbach, C.; Gojobori, T .; Baldarelli, R.; Hill, DP; Bult, C.; Hume, DA; Quackenbush, J .; Schriml, LM; Kanapin, A.; Matsuda, H.; Batalov, S.; Beisel, KW; Blake, JA; et al. (2002). "Análisis del transcriptoma de ratón basado en la anotación funcional de 60.770 ADNc de longitud completa". Naturaleza . 420 (6915): 563–573. Código Bibliográfico :2002Natur.420..563O. doi : 10.1038/nature01266 . hdl : 10161/11223 . PMID  12466851.
  15. ^ Chothia, C ; Gough, J; Vogel, C; Teichmann, SA (2003). "Evolución del repertorio de proteínas". Science . 300 (5626): 1701–3. Bibcode :2003Sci...300.1701C. doi :10.1126/science.1085371. PMID  12805536. S2CID  27681885.
  16. ^ Carninci, P; Kasukawa, T; Katayama, S; Gough, J; Frith, MC; Maeda, N; Oyama, R; Ravasi, T; Lenhard, B; Wells, C; Kodzius, R; Shimokawa, K; Bajic, VB; Brenner, SE ; Batalov, S; Forrest, AR; Zavolan, M; Davis, MJ; Wilming, LG; Aidinis, V; Allen, JE; Ambesi-Impiombato, A; Apweiler, R ; Aturaliya, RN; Bailey, TL; Bansal, M; Baxter, L; Beisel, KW; Bersano, T; et al. (2005). "El paisaje transcripcional del genoma de los mamíferos". Science . 309 (5740): 1559–63. Código Bibliográfico :2005Sci...309.1559F. doi :10.1126/science.1112014. PMID  16141072. S2CID  8712839.
  17. ^ Ravasi, T; Suzuki, H; Cannistraci, CV; Katayama, S; Bajic, VB; Bronceado, K; Akalin, A; Schmeier, S; Kanamori-Katayama, M; Bertín, N; Carninci, P; Daub, Colorado; Forrest, AR; Gough, J; Grimmond, S; Han, JH; Hashimoto, T; Ocultar, W; Hofmann, O; Kamburov, A; Kaur, M; Kawaji, H; Kubosaki, A; Lassmann, T; Van Nimwegen, E; MacPherson, CR; Ogawa, C; Radovanovic, A; Schwartz, A; Teasdale, RD; Tegnér, J; Lenhard, B; Teichmann, SA ; Arakawa, T; Ninomiya, N; Murakami, K; Tagami, M; Fukuda, S; Imamura, K; Kai, C; Ishihara, R; Kitazume, Y; Kawai, J; Hume, DA; Ideker, T ; Hayashizaki, Y (2010). "Atlas de regulación transcripcional combinatoria en ratones y humanos". Cell . 140 (5): 744–52 . doi :10.1016/j.cell.2010.01.044. PMC 2836267. PMID 20211142  .  Icono de acceso abierto
  18. ^ Lewis, TE; Sillitoe, I; Andreeva, A; Blundell, TL; Buchan, DW; Chothia, C ; Cozzetto, D; Dana, JM; Filippis, I; Gough, J; Jones, DT; Kelley, LA; Kleywegt, GJ ; Minneci, F; Mistry, J; Murzin, AG; Ochoa-Montaño, B; Oates, ME; Punta, M; Rackham, OJ; Stahlhacke, J; Sternberg, MJ ; Velankar, S; Orengo, C (2015). "Genome3D: Explotación de la estructura para ayudar a los usuarios a comprender sus secuencias". Nucleic Acids Research . 43 (número de base de datos): D382–6. doi :10.1093/nar/gku973. PMC 4384030 . PMID  25348407. 
  19. ^ Mitchell, A; Chang, HY; Daugherty, L; Fraser, M; Hunter, S; Lopez, R; McAnulla, C; McMenamin, C; Nuka, G; Pesseat, S; Sangrador-Vegas, A; Scheremetjew, M; Rato, C; Yong, SY; Bateman, A ; Punta, M; Attwood, TK ; Sigrist, CJ; Redaschi, N; Rivoire, C; Xenarios, I; Kahn, D; Guyot, D; Bork, P ; Letunic, I; Gough, J; Oates, M; Haft, D; Huang, H; Natale, DA (2015). "La base de datos de familias de proteínas InterPro: el recurso de clasificación después de 15 años". Nucleic Acids Research . 43 (número de base de datos): D213–21. doi :10.1093/nar/gku1243. Número de modelo : PMID 25428371  .  Icono de acceso abierto
  20. ^ Hunter, S.; Jones, P.; Mitchell, A.; Apweiler, R.; Attwood, T.K.; Bateman, A.; Bernard, T.; Binns, D.; Bork, P.; Burge, S.; De Castro, E.; Coggill, P.; Corbett, M.; Das, U.; Daugherty, L.; Duquenne, L.; Finn, RD; Fraser, M.; Gough, J.; Haft, D.; Hulo, N.; Kahn, D.; Kelly, E.; Letunic, I.; Lonsdale, D.; Lopez, R.; Madera, M.; Maslen, J.; McAnulla, C.; McDowall, J. (2011). "InterPro en 2011: Nuevos desarrollos en la base de datos de predicción de dominios y familias". Nucleic Acids Research . 40 (Número de la base de datos): D306–D312. doi :10.1093/nar/gkr948. PMC 3245097. PMID 22096229  . 
  21. ^ Hunter, S.; Apweiler, R .; Attwood, T .; Bairoch, A .; Bateman, A .; Binns, D.; Bork, P .; Das, U.; Daugherty, L.; Duquenne, L.; Finn, RD; Gough, J.; Haft, D.; Hulo, N.; Kahn, D.; Kelly, E.; Laugraud, A.; Letunic, I.; Lonsdale, D.; Lopez, R.; Madera, M.; Maslen, J.; McAnulla, C.; McDowall, J.; Mistry, J.; Mitchell, A.; Mulder, N.; Natale, D.; Orengo, C.; Quinn, AF (enero de 2009). "InterPro: la base de datos de firmas de proteínas integradora". Nucleic Acids Research . 37 (número de la base de datos): D211–D215. doi : 10.1093/nar/gkn785. ISSN  0305-1048. PMC 2686546 . PMID  18940856.  Icono de acceso abierto
  22. ^ Mulder, NJ; Apweiler, R ; Attwood, TK ; Bairoch, A ; Bateman, A ; Binns, D; Bradley, P; Bork, P ; Bucher, P; Cerutti, L; Copley, R; Courcelle, E; Das, U; Durbin, R ; Fleischmann, W; Gough, J; Haft, D; Harte, N; Hulo, N; Kahn, D; Kanapin, A; Krestyaninova, M; Lonsdale, D; Lopez, R; Letunic, I; Madera, M; Maslen, J; McDowall, J; Mitchell, A; et al. (2005). "InterPro, progreso y estado en 2005". Nucleic Acids Research . 33 (número de base de datos): D201–5. doi :10.1093/nar/gki106. PMC 540060 . Número de modelo:  PMID15608177.  Icono de acceso abierto
  23. ^ Vinogradov, SN; Hoogewijs, D; Bailly, X; Arredondo-Peter, R; Guertin, M; Gough, J; Dewilde, S; Moens, L; Vanfleteren, JR (2005). "Tres linajes de globina pertenecientes a dos clases estructurales en genomas de los tres reinos de la vida". Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 102 (32): 11385–9. Bibcode :2005PNAS..10211385V. doi : 10.1073/pnas.0502103102 . PMC 1183549 . PMID  16061809. 
  24. ^ Gherardi, E; Youles, ME; Miguel, RN; Blundell, TL; Iamele, L; Gough, J; Bandyopadhyay, A; Hartmann, G; Butler, PJ (2003). "Mapa funcional y estructura de dominio de MET, el producto del protooncogén c-met y el receptor del factor de crecimiento de hepatocitos/factor de dispersión". Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 100 (21): 12039–44. Bibcode :2003PNAS..10012039G. doi : 10.1073/pnas.2034936100 . PMC 218709 . PMID  14528000. 
  25. ^ Chothia, C; Gough, J (2009). "Aspectos genómicos y estructurales de la evolución de las proteínas". Revista bioquímica . 419 (1): 15–28. doi :10.1042/BJ20090122. PMID  19272021.
  26. ^ Apic, G; Gough, J; Teichmann, SA (2001). "Combinaciones de dominios en proteomas arqueales, eubacterianos y eucariotas". Journal of Molecular Biology . 310 (2): 311–25. doi :10.1006/jmbi.2001.4776. PMID  11428892.
  27. ^ Gough, J.; Karplus, K.; Hughey, R.; Chothia, C. (2001). "Asignación de homología a secuencias genómicas utilizando una biblioteca de modelos ocultos de Markov que representan todas las proteínas de estructura conocida1". Journal of Molecular Biology . 313 (4): 903–919. CiteSeerX 10.1.1.144.6577 . doi :10.1006/jmbi.2001.5080. PMID  11697912. 
  28. ^ Teichmann, SA ; Rison, SC; Thornton, JM ; Riley, M; Gough, J; Chothia, C (2001). "La evolución y anatomía estructural de las vías metabólicas de moléculas pequeñas en Escherichia coli". Revista de Biología Molecular . 311 (4): 693–708. CiteSeerX 10.1.1.121.1628 . doi :10.1006/jmbi.2001.4912. PMID  11518524. 
  29. ^ Kasukawa, T; Furuno, M; Nikaido, I; Bono, H; Hume, DA; Bult, C; Hill, DP; Baldarelli, R; Gough, J; Kanapin, A; Matsuda, H; Schriml, LM; Hayashizaki, Y; Okazaki, Y; Quackenbush, J (2003). "Desarrollo y evaluación de un sistema de anotación de ADNc y un proceso de anotación automatizado". Genome Research . 13 (6B): 1542–51. doi :10.1101/gr.992803. PMC 403710 . PMID  12819153.  Icono de acceso abierto
  30. ^ Shihab, HA; Gough, J; Cooper, DN; Day, IN; Gaunt, TR (2013). "Predicción de las consecuencias funcionales de las sustituciones de aminoácidos asociadas al cáncer". Bioinformática . 29 (12): 1504–10. doi :10.1093/bioinformatics/btt182. PMC 3673218 . PMID  23620363. 
  31. ^ Liu, J.; Gough, J.; Rost, B. (2006). "Distinguir entre ARN codificantes de proteínas y ARN no codificantes mediante máquinas de vectores de soporte". PLOS Genetics . 2 (4): e29. doi : 10.1371/journal.pgen.0020029 . PMC 1449884 . PMID  16683024. 
  32. ^ Fantom, Consorcio; Suzuki, H; Forrest, AR; Van Nimwegen, E; Daub, Colorado; Balwierz, PJ; Irvine, KM; Lassmann, T; Ravasi, T; Hasegawa, Y; De Hoon, MJ; Katayama, S; Schröder, K; Carninci, P; Tomaru, Y; Kanamori-Katayama, M; Kubosaki, A; Akalin, A; Ando, ​​Y; Arner, E; Asada, M; Asahara, H; Bailey, T; Bajic, VB; Bauer, D; Beckhouse, AG; Bertín, N; Björkegren, J; Brombacher, F; et al. (2009). "La red transcripcional que controla la detención del crecimiento y la diferenciación en una línea celular de leucemia mieloide humana". Genética de la Naturaleza . 41 (5): 553–62. doi :10.1038/ng.375. PMC 6711855 . PMID  19377474. 
  33. ^ Babu, MM; Priya, ML; Selvan, AT; Madera, M; Gough, J; Aravind, L; Sankaran, K (2006). "Una base de datos de lipoproteínas bacterianas (DOLOP) con asignaciones funcionales a lipoproteínas predichas". Revista de bacteriología . 188 (8): 2761–73. doi :10.1128/JB.188.8.2761-2773.2006. PMC 1446993 . PMID  16585737. 
  34. ^ "Subvenciones del Gobierno del Reino Unido concedidas a Julian Gough". Consejos de investigación del Reino Unido . Archivado desde el original el 15 de marzo de 2015.