Adquirió notoriedad por su estudio de la flora y fauna del archipiélago nipón, biotopo único abundante en endemismos.Ignaz Döllinger, su profesor de Anatomía y Fisiología, sin embargo, fue el que más le influenció.Sin embargo, permaneció unas semanas en la residencia del gobernador general para recobrarse de una enfermedad.Estos se lo presentaron a unos terceros, Engelbert Kaempfer y Carl Peter Thunberg (autor de la Flora Japonica), ambos antiguos médicos residentes en Deshima.Von Siebold acostumbraba a llamarla "Otakusa" y nombró una Hydrangea en su honor.Sus pacientes japoneses, en el ejercicio como médico, le pagaban con toda clase de objetos y artefactos que más tarde podrían tener importancia.En una casa de cristal especialmente construida, cultivaba las plantas japonesas, para que pudieran soportar el clima neerlandés.Muchos especímenes fueron recolectados con la ayuda de colaboradores japoneses, Ito Keiske, Mizutani Sugerok, Ohkochi Zonshin y Katsuragawa Hoken, un médico del shōgun.Con este acto tan simple, comenzó el cultivo del té en la isla de Java, entonces una colonia holandesa.Su estancia en Japón y Batavia había durado un periodo de unos ocho años.La colección en su totalidad fue adquirida por el gobierno neerlandés en una respetable cantidad de dinero.Su sucesor en Japón, Heinrich Bürger, le envió tres cargamentos más de especímenes.También contiene el relato de su viaje a la corte del shōgun en Edo.Dando la escala de otras publicaciones, demostró ser prolífico; y seis tomos más aparecieron hasta 1882.Este trabajo lo hizo en colaboración con Joseph Hoffmann y Kuo Cheng-Chang, un javanés de origen chino que viajó con von Siebold desde Batavia.Además elaboró su Flora Japonica en colaboración con el botánico alemán Joseph Gerhard Zuccarini.La versión completa, sin embargo, no aparecería hasta después de su muerte, terminada en 1870 por F.A.W.Este trabajo consolidó la fama de von Siebold como científico, no solo en Japón, sino también en Europa.Hosta e hortensia, Azalea, y la japonesa mantequera y el piedepotro además del alerce japonés después de conquistar los jardines europeos, empezaron a conquistar los jardines de todo el mundo.
