Este jardín botánico alberga la Stichting Nationale Plantencollectie (Fundación Colección de Plantas Nacional) en el Museumvereniging.

El jardín en un principio era pequeño (unos 35 por 40 m), pero contenía más de 1000 plantas diferentes.

Especialmente con Herman Boerhaave (1668-1738, prefecto de 1709-1730), contribuyendo grandemente a la fama del Hortus con sus esfuerzos en conseguir nuevas plantas y especímenes, y con sus publicaciones, tales como un catálogo de plantas que se podían encontrar en el Hortus.

Otra de las mayores contribuciones a las colecciones fue hecha por Philipp Franz von Siebold, un médico alemán que estaba empleado en Deshima (Japón) por la VOC desde 1823 hasta su expulsión del Japón en 1829.

Durante ese periodo recolectó numerosas plantas secas y vivas de todo el Japón (además de animales, objetos etnográficos, mapas, etc.), y los envió a Leiden.