La isla de Dejima se construyó en 1634, por orden del shogun Iemitsu, y originalmente acomodó a comerciantes portugueses.
Es significativo el hecho que Dejima es una pequeña isla artificial, y no parte del territorio japonés propiamente dicho.
En su interior tenía casas para 20 neerlandeses, almacenes y alojamientos para los oficiales del gobierno japonés.
Cada barco neerlandés que llegaba a Dejima era inspeccionado por el bugyō y sus funcionarios.
A pesar de la carga financiera que le significaba a la compañía el mantenimiento de Dejima, el comercio con Japón era muy provechoso para la VOC e inicialmente rendía beneficios del 50% o aún más.
El comercio entre los Países Bajos y Japón declinó en el siglo XVIII, cuando solamente a dos naves en el año les era permitido atracar en Dejima.
Originalmente, los neerlandeses negociaban principalmente con seda, pero más adelante el comercio del azúcar se hizo muy importante.