La villa de Veganzones fue lugar poblado por el Obispo de Segovia, entre los siglos XII y XIII, dentro del territorio que doña Urraca, reina de Castilla y León, le había concedido en 1123, junto a Turégano y Caballar.
Presenta una planta lineal que se adapta al espacio del presbiterio.
En primer lugar, nos encontraríamos con el banco o predela, se compone de roleos vegetales y dos lienzos alargados a los lados del sagrario, que representan las escenas de la vida y el martirio de Santa Águeda, santa a la que está dedicado el retablo.
Bajo la hornacina de medio punto, se encuentra el expositor, cuyo interior está forrado por varios espejos y guarda la escultura de bulto redondo de Santa Águeda, que sujeta con la mano izquierda una bandeja con sus senos y en la derecha, la palma del martirio.
San Pedro está representado sujetando las llaves de la puerta del cielo y San Pablo con el mandoble, instrumento de su martirio.
Consecuencia de ello, perdió toda la policromía y fue cubierto con purpurina.
En el muro perpendicular a los retablos colaterales hay dos pequeños altares.
Debajo del coro, se encuentran dos capillas laterales, pintadas por José Bermexo y Francisco Jiménez de Ocaña en 1708.
Viste el perizodium, un paño hasta las rodillas anudado en la cintura.