Su principal afluente es el río Pirón, aunque también cuenta con otros como los ríos Santa Águeda y Vadillo, y arroyos como el Cerquilla, el de las Mulas, el de Santa Ana, el Malucas, el Marieles, el Pradillos o el Ternillo.Dispone del arroyo Cerquilla, afluente del río, así como el arroyo Pradillos, que surten sus aguas al humedal El Espadañal.Durante un pequeño tramo su cauce hace de límite con el término de Íscar, y es aquí donde desemboca el río Pirón en su orilla izquierda.Aguas más abajo otro puente inaugurado en 2004 permite salvar la gran profundidad del río a la carretera VA 1202.En el mismo término de Cogeces recibe las aguas del arroyo, otrora cangrejero, del Henar, en cuya confluencia se encuentra magníficamente restaurado el molino de Abajo, que con el de Arriba, también llamado Blanco, y el de Enmedio (igualmente restaurado) conformaban hasta mediados del siglo pasado el conjunto de molinos harineros en el curso de este arroyo, en un idilico paraje el Valle del Cega dentro del territorio cogezano.
