[nota 1] En la mitología griega, según algunas leyendas relatadas por el pseudo-Apolodoro, es el lugar donde Teseo hace escala después de haber matado al Minotauro.
Llegó al apogeo de su gloria en los siglos VII y VI a. C., en los que dominó, entonces, a todas las Cícladas.
En 499 a. C., una nueva expedición persa fue organizada contra las Cícladas, con Aristágoras, gobernador de Mileto, a la cabeza.
A finales del siglo VI a. C., alcanzó su apogeo bajo el tirano Lígdamis, instalado allí según Heródoto, por Pisístrato.
El historiador dice que en esta época, «sobrepasa a todas las otras islas en prosperidad»[4] En 491 a. C., durante la primera guerra médica, tuvo lugar la venganza persa: Naxos fue tomada por el general Datis, los habitantes que no pudieron huir fueron reducidos a la esclavitud, la ciudad y los templos fueron incendiados.
El templo, supuestamente dedicado a Apolo, era in antis en ambos frentes, mientras la cella se dividía en tres naves.