En el año 502 a. C. los habitantes de Naxos se rebelaron contra sus gobernantes persas.
Se conservan los cimientos del Templo de Cien Pies, que empezó a construirse en el 530 a. C. por Lígdamis, el tirano de Naxos, aunque nunca se llegó a terminar.
Gracias a ello en ella se instalaron allí los eritreos y los milesios en una de sus luchas contra Naxos.
Los grandes cementerios de esa época se encontraban en Aplomata y en Kamini.
Con la conquista y establecimiento de los latinos, la capital se trasladó a Naxos, en la parte que es hoy Meso Kastro.
Al noroeste de Meso Kastro, se creó un asentamiento formado por burgueses latinos y griegos y por los habitantes de la isla que no se dedicaban a la agricultura.