El museo se encuentra en un edificio histórico que fue construido entre 1600 y 1800, que inicialmente tuvo función de vivienda de una escuela jesuita, luego fue una escuela de comercio y que es utilizado como museo desde 1973.

[1]​ El museo contiene una colección de objetos procedentes de yacimientos arqueológicos de la isla —Grotta, Aplómata, Plitos, Mélanes, Sangrí, Tsikalario, Pánormos, Korfí— y de otras islas próximas como Pano Kufonisia y Keros, que abarcan periodos comprendidos entre el neolítico y la época de los primitivos cristianos.

Destacan los hallazgos del periodo cicládico antiguo (3200-2300 a. C.), a la que pertenecen una importante serie de estatuillas y «sartenes».

Hay también importantes piezas de cerámica pertenecientes a los periodos micénico y geométrico.

Además, hay otras piezas de cerámica y figurillas de terracota de los periodos arcaico, clásico y helenístico, así como algunas esculturas arcaicas.