A nivel ontológico, corresponde a una variante particular dentro del pensamiento naturalista (junto con el realismo, materialismo, fisicalismo y otras corrientes afines), aunque también presenta formulaciones en sistemas de pensamiento dualistas, como en el caso del mecanicismo cartesiano.En el Timeo, Platón alude a los explicaciones mecanicistas de Demócrito, las cuales critica duramente.Pero el problema del determinismo mecanicista que ponía en entredicho la libertad humana, condujo a considerar que toda máquina pertenece inevitablemente al mundo inorgánico y, por tanto, toda analogía con los seres vivos era ficticia.[10] Se trataba de una auténtica cosmovisión caracterizada por dos doctrinas, una ontológica y otra gnoseológica.Argumentó que los animales no carecían de sensaciones o percepciones, pero esto podría explicarse mecánicamente.[19] Mientras que los humanos tenían un alma o mente y podían sentir dolor y ansiedad, los animales en virtud de no tener un alma no podían sentir dolor o ansiedad.Si los animales mostraban signos de angustia, esto era para proteger el cuerpo del daño, pero el estado innato necesario para que sufrieran estaba ausente.[21] David Hume en su ensayo De la inmortalidad del alma argumentó en contra del mecanicismo cartesiano al decir que los animales "indudablemente sienten, piensan [...] de una manera más imperfecta que los hombres; ¿Son sus almas también inmateriales e inmortales?".
Reloj de bolsillo del siglo
XVI
. Los relojes fueron las máquinas modelo de las concepciones mecanicistas.
Descartes redujo los animales a una mera extensión material, como unos autómatas, negándoles capacidades cognitivas y sensitivas.
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