[7] Sin embargo, el BDP se mantuvo como partido dominante, no enfrentando Khama más de siete parlamentarios opositores en todo su mandato.
[3] Enfrentó también a nivel exterior la oposición de los regímenes blancos en Sudáfrica, África del Sudoeste (actual Namibia) y Rodesia (actual Zimbabue), que llegaron a realizar numerosas incursiones militares en territorio botsuano y cuya relación tensa se profundizaría tras el final de su presidencia.
Admitiendo su derrota, el príncipe Tshekedi Khama abandonó Bechuanalandia, en tanto Seretse regresaba a Londres para completar sus estudios.
La Unión Sudafricana, que aún era dominio británico, había prohibido por ley los matrimonios interraciales bajo el sistema del apartheid, y su gobierno segregacionista consideró inaceptable que un gobierno en su frontera norte fuese liderado por Khama mientras él mantuviera un matrimonio interracial.
Como Bechuanalandia era entonces un protectorado británico (aunque no una colonia), el gobierno sudafricano presionó a Gran Bretaña para que Khama fuera destituido de su liderazgo.
Se temía también que Sudáfrica pudiera tomar acciones más directas contra Bechuanalandia, como sanciones económicas o una incursión militar.
Si bien la investigación determinó que Khama era eminentemente apto para regir Bechuanalandia, "si no fuese por su desafortunado matrimonio",[14] el gobierno británico ordenó que el informe fuera suprimido (habría de permanecer en secreto por treinta años), y en 1951 exilió por cinco años a Khama y a su esposa de Bechuanalandia.
Khama comenzó un emprendimiento sin éxito como ganadero, e incursionó en la política local, siendo electo para el consejo tribal en 1957.
En 1961, sin embargo, Khama saltó a la arena política fundando el Partido Democrático de Bechuanalandia (BDP), nacionalista.
El descubrimiento en 1967 del yacimiento diamantífero de Orapa ayudó a concretar este programa.
Una parte sustancial de las divisas ingresadas se invirtieron en infraestructuras, salud y educación, lo que redundó en mayor desarrollo económico.
Khama también instituyó severas medidas contra la corrupción, un grave problema para muchos de los otras naciones recientemente independizadas del África.
Khama prometió impuestos bajos y estables para las compañías mineras, liberalizó el comercio e incrementó las libertades públicas.
Mantuvo tasas marginales bajas de impuesto sobre las ganancias para desalentar la evasión impositiva y la corrupción.
Khama permaneció en la presidencia hasta su muerte por cáncer de páncreas en 1980, y fue sucedido por el vicepresidente Quett Masire.