La serie continúa con los agentes especiales del FBI, Fox Mulder y Dana Scully, interpretados por David Duchovny y Gillian Anderson respectivamente, quiénes investigan casos paranormales o sobrenaturales, conocidos como expedientes X por el FBI.
Dana Scully (Gillian Anderson) es reasignada para enseñar en la academia del FBI, mientras que a Fox Mulder (David Duchovny) se le asignan humildes tareas de vigilancia.
[3][4] Mulder es reclamado para ayudar en una negociación con rehenes cuando Duane Barry, un abducido, captura a cuatro personas.
Mulder lo sigue pero es retrasado por Krycek, quien se revela como un topo que trabaja para el fumador (William B. Davis).
[9][10] Los agentes más tarde investigan un caso que implica la inyección de biología extraterrestre a unos adolescentes en Wisconsin y una vez más se encuentran con el asesino de Garganta Profunda, que es asesinado por el sheriff local.
[13][14] Cuando Scully es secuestrada por el cazarrecompensas extraterrestre, Mulder se ve obligado a intercambiarla por Samantha.
Mulder casi muere cuando se expone a la sangre tóxica del cazarrecompensas, pero es salvado por Scully.