El programa se centra en los agentes especiales del FBI Fox Mulder (David Duchovny) y Dana Scully (Gillian Anderson) que trabajan en casos relacionados con lo paranormal, llamados expedientes X.
En este episodio, Mulder y Scully descubren evidencia de una experimentación secreta del gobierno con ADN extraterrestre, pero la evidencia y todas las personas que la han visto son rápidamente identificadas, ubicadas y seleccionadas para su eliminación por hombres que luego son identificados como operativos clandestinos del gobierno de los Estados Unidos.
«The Erlenmeyer Flask» introdujo varios elementos nuevos de la trama que continuarían en temporadas posteriores y contó con la muerte del personaje recurrente «Garganta Profunda» (Jerry Hardin).
En Ardis, Maryland, se desarrolla una persecución policial a alta velocidad en un paseo marítimo.
Secare recibe un disparo mientras sube corriendo una pasarela y salta de un barco al agua.
Esa noche, Berube se enfrenta al «Crew Cut Man» (Lindsey Ginter), quien lo mata y hace que la muerte parezca un suicidio.
Mientras investiga la escena del crimen, Mulder encuentra un matraz Erlenmeyer con la etiqueta «Control de pureza».
Mientras se lo llevan en una ambulancia, un gas venenoso empieza a salir del cuerpo de Secare cuando los paramédicos realizan una descompresión con aguja.
Se experimentó con seis voluntarios con enfermedades terminales y todos habían empezado a recuperarse.
Scully se entera de que Carpenter y toda su familia murieron en un accidente automovilístico.
Scully tiende a Garganta Profunda, cuyas últimas palabras antes de morir son: «No confíes en nadie».
Varias semanas después, Mulder, abatido, llama a Scully para informarle que los expedientes X ha sido cerrados.
[8] El lema de este episodio es «Trust No One» («No confíes en nadie»), reemplazando la frase habitual «The Truth Is Out There» («La verdad está ahí fuera») y haciendo referencia a las últimas palabras de Garganta profunda.
Se rodó en un astillero abandonado en el norte de Vancouver conocido como Versatal Shipyard.
[11] La ubicación utilizada para el almacén donde Mulder encuentra los tanques tenía la dirección «1616 Pandora», que los productores decidieron incorporar en el episodio como símbolo de Mulder «abriendo la caja de Pandora».
[17] El episodio introdujo muchos conceptos y temas que aparecerían en los episodios de mitología del programa a lo largo de los años, incluidos experimentos genéticos, híbridos humano-extraterrestres, sangre extraterrestre tóxica, conspiraciones gubernamentales, fetos extraterrestres y asesinos mortales.