Es el creador de la aclamada serie televisiva Breaking Bad y su spin-off Better Call Saul.

Gilligan también ha trabajado en las series The X Files y Los pistoleros solitarios.

[2]​ En la universidad, escribió el guion de Home Fries, que más tarde se convertiría en una película protagonizada por Drew Barrymore y Luke Wilson.

En 1989, Gilligan recibió el premio al mejor guion otorgado por el gobernador de Virginia por este libreto.

Gilligan es principalmente reconocido por haber creado, escrito, dirigido y producido el drama televisivo Breaking Bad, emitido por la señal AMC.