Posteriormente se les unió una hermana de Clara, Inés, a la cual Francisco también cortó el pelo.[10] En 1221 el papa Honorio III aprobó el Memorial del propósito de los hermanos y hermanas de penitencia que viven en sus propias casas (conocido como el Memoriale), que va dirigido a todas las órdenes de penitencia en general, y que fue la primera norma usada por la Tercera Orden de San Francisco, fundada en el siglo XIII para hombres y mujeres seglares franciscanos.[15] Durante su pontificado, Alejandro IV continuó siendo protector de franciscanos y clarisas.Cuando fue sucedido por Urbano IV en 1261, los franciscanos pidieron al papa que les asignase como protector al cardenal Juan Cayetano Orsini, lo que les fue concedido, aunque las clarisas tuvieron de protector a Esteban de Hungría, obispo de Palestrina.[13] La regla urbanista permitía que los conventos de clarisas tuvieran propiedades y rentas.[14] En el siglo XV, santa Colette Boylet, nacida en la ciudad francesa de Corbie, decidió hacerse religiosa y pasó por diversas órdenes religiosas buscando alguna que satisficiera sus necesidades espirituales.El papa le dio autorización para fundar conventos de la orden reformada.Santa Colette redactó unas constituciones que fueron aprobadas por el ministro general de los franciscanos en 1434 y en 1458 por el papa Pío II.Santa Colette falleció en Gante, Bélgica, en 1477 y fue canonizada por Pío VII en 1807.[16] Las religiosas seguidoras de santa Colette son conocidas como clarisas descalzas.En el siglo XV la española venerable María Lorenza Longo se casó con Juan Llonc y tuvo varios hijos.Una sirvienta intentó matarla con un veneno y ella quedó paralítica.[19] En 1537 fundó con María Ajerba el monastero delle Pentite en Nápoles para mujeres víctimas de la explotación sexual.Este monasterio estuvo dirigido por María Ajerba, aunque dependía del hospital.María Lorenza Longo les hizo directores espirituales de la comunidad.[21] En el siglo XIX la española Francisca Pascual Domenech, de Moncada, recorría junto con otras compañeras siete kilómetros al día caminando hasta Valencia para trabajar en una fábrica de hilado.Entonces la congregación tenía ya 29 casas y más de 200 hermanas en España.[22] En el siglo XX los franciscanos Stefano Maria Manelli y Gabriel Maria Pellettieri, seguidores de la espiritualidad acerca de la Inmaculada del fraile franciscano san Maximilian Kolbe, fundaron la Casa Mariana en Frigento, Italia, en 1982.
