En la final logra vencer a Defensor Mayta Cápac por 4 - 3, en penales, tras haber empatado el partido por 2 - 2.
De esta manera lograba clasificar por primera vez a la etapa regional.
En la etapa regional inició su participación estando en el grupo B de la región VI, junto a Defensor Zarumilla (Nasca), UDA (Ascensión) y Sport Libertad (Huanca Sancos).
En el camino elimina al Atlético San José (El Ingenio) y Defensor Municipal (Marcona).
En el camino elimina al Unión la Legua (El Ingenio) y San Nicolas (Marcona).
En la etapa nacional terminó en la décima posición entre 50 equipos participantes, logrando clasificarse a los repechajes (Segunda fase).
Tras caer ante Carlos Manucci (1-2), Cienciano (2-3) y Alianza Universidad (0-2); perdió la posibilidad de ascender a la primera división del fútbol profesional teniendo que contentarce con el ascenso a la liga 2.
Terminó siendo la revelación del campeonato, logrando muy buenos resultados tanto de local como visitante.
Tuvo una corta participación en la Copa Bicentenario 2019 donde fue ubicado junto a Sport Huancayo, Deportivo Municipal y Ayacucho F.C., acabando penúltimos en su grupo.
Como el año anterior, el cuadro azul realizó una mala campaña quedando en el antepenúltimo lugar de 12 equipos participantes.
Al cuadro Iqueño le toco estar en la "Zona sur" junto con otros ocho equipos.
Ellos se ubican siempre en la tribuna que posee las butacas en el estadio municipal de Nasca.
Se podría indicar que actualmente el Santos no tiene rivalidad con ningún equipo de la liga 2.
Antes de su ascenso a la liga 2, el cuadro azul disputó sus encuentros en su templo Manuel Antonio Elías Santa Cruz (Vista Alegre).