El torneo otorgó al cuadro del UTC un cupo para la Primera División de la temporada 2013 y los equipos que llegaron hasta cuartos de final obtendrán un cupo para la Segunda División 2013.

A estos clubes se unirá el equipo que ocupó el último lugar en la Segunda División Peruana 2011: U América FC.

Además, de acuerdo a la Resolución N.º 002-FPF-2011, los clubes eliminados en la Etapa Nacional de la Copa Perú 2011 también empezarán su participación en esta etapa según la región que le corresponda.

[2]​ Finalmente, tras renunciar a participar en la Segunda División 2012, el descendido del Descentralizado 2011, Colegio Nacional de Iquitos por problemas económicos, también formará parte del torneo desde esta fase.

UTC 2 (*) Nota: Binacional fue descalificado por haber alineado jugadores sancionados en la etapa Regional.