En la Copa Perú 1969 vuelve a participar como campeón regional de su zona y vuelve a conquistar el título tras ganar todos los partidos del hexagonal dejando atrás al FBC Melgar y San Lorenzo de Chiclayo, ascendiendo nuevamente al fútbol rentado.[8] En el equipo alineaban: José Vargas, Rubén Rivas, Carlos Cervera, Óscar Villalobos, Víctor Céspedes, Matías Quintos, Walter Cossío, Oscar Herrera, Jorge García, Alejandro Zevallos y Jorge Quipuzco siendo dirigidos por el paraguayo Miguel Ortega y bajo la presidencia de Fernando Salaverry.Se mantuvo como protagonista en 1970 y 1971, pero en el año 1972, ya sin el respaldo económico de la firma Carlos A. Mannucci S.A. desciende a la liga trujillana.Aquel año ascendieron los campeones regionales y no se realizó final de la Copa Perú.Bajo la presidencia de Don Alex Neciosup, Mannucci realizó grandes presentaciones en el fútbol profesional.[6] En el año 1993, luego de un inicio aceptable en el que Mannucci se ubicó en la primera parte del torneo entre los primeros puestos, los problemas económicos agobiaron a directivos y jugadores, por lo que en el intermedio del campeonato, el manejo del Club pasó a manos de la empresa COVISE, la cual se comprometió a solucionar los problemas económicos de la institución y posteriormente, hacer las inversiones necesarias para potenciar el equipo y el año 1994 luchar por el título nacional.La lucha por no descender fue con el Cienciano del Cusco, y se alargó hasta la dramática última fecha, en la que con un empate a cero con Unión Minas, la escuadra cusqueña aseguró su permanencia, a pesar del inútil triunfo de Mannucci sobre el FBC Melgar.En la Segunda División 2016 fue uno de los animadores del torneo, donde incluso estuvo en la primera posición por muchas fechas (hasta la penúltima).Sin embargo, en la última fecha perdió contra Cienciano en el Cusco y quedó en el cuarto lugar, sin poder lograr su objetivo de ascender.Terminarían el Apertura en la posición número 14 con 16 puntos de 51 posibles, 22 goles a favor y 27 en contra.Manuel Heredia fue elegido "Arquero del Año" junto a José Carvallo Esa misma temporada jugaría la Copa Bicentenario 2019, ubicado en el Grupo C junto a Universitario de Deportes, Deportivo Coopsol y Unión Huaral.En el acumulado lograría 45 puntos, lo que le bastó para poder conseguir el quinto lugar y acceder a la Copa Sudamericana por primera vez en su historia.Al inicio del 2021 integró el Grupo A de la Fase 1 en la Liga 1 2021, quedando el quinto lugar con 12 puntos.Al final del año en la tabla acumulada 2021, el club logró obtener 36 puntos; ubicándose en el puesto 9.La campaña de la Liga 1 2022 no fue la esperada por la dirigencia y los seguidores del cuadro tricolor, debido a la gran inversión hecha, en el Torneo Apertura se ubicó en el puesto 12 con 20 puntos y en el Torneo Clausura logró ubicarse en el puesto 17 con 16 puntos.Con esto en el acumulado del año terminó en el puesto 15 con 33 puntos, peleando hasta las fechas finales por la permanencia.La Liga 1 2023 inicia con una gran ilusión trayendo al técnico uruguayo Mario Viera y refuerzos a pedido del mismo, se hace un apertura decoroso ubicándose La Tricolor en el puesto 7 con 27 puntos, se esperaba un Clausura mejor pero el equipo cayo en su juego; perdiendo muchos puntos de local y quedando a 4 puntos de la Copa Sudamericana 2024, generando una decepción en su hinchada, ya que gran parte del año se estuvo en zona de torneos internacionales.El cuadro tricolor se lograría reponer y tras ganarle el clásico a la César Vallejo que también luchaba la baja llegaron a la última fecha igualado en puntos con la Vallejo y UTC con 30 cada uno sabiendo que de ellos solo uno lograría mantener la categoría.El escudo usado antiguamente en las camisetas del Club Carlos A. Mannucci únicamente incluía las iniciales de la institución, "C.A.M."Es con este escudo que el Club logra los títulos de la Copa Perú y participa los primeros años en el Fútbol Profesional.Desde las banderas hasta el uniforme llevan los colores tradicionales de Trujillo que son rojo, blanco y azul.Cánticos de los hinchas tricolores El Carlos A. Mannucci aún no cuenta con un himno oficial pero sus hinchas igualmente alientan a su equipo con sus cánticos, hay un estribillo en particular que en cada partido es entonado y que ha quedado marcado en la mente y corazón de cientos de hinchas y que al parecer poco a poco la están adoptando como su himno.Tras el descenso tricolor en 1994, la rivalidad entre ambas escuadras volvió a manifestarse en la liga trujillana con grandes encuentros disputados a estadio lleno, aunque la poca inversión realizada por Ugarte en los últimos años le ha restado poderío y expectativa al tradicional Clásico Trujillano.Carlos A. Mannucci también tiene una rivalidad con el Juan Aurich de Chiclayo, con quien disputa el denominado Clásico del Norte.Desde que ambos equipos ascendieron a Primera División se han convertido en los clubes provincianos norteños con más prestigio.
