Juego de tronos sigue tres líneas argumentales principales al mismo tiempo.
Antes de que los Stark viajen al sur, en dirección a Desembarco del Rey (capital de Los Siete Reinos), el hijo de Ned Stark, Bran ve a Cersei Lannister Baratheon, esposa del rey, cometer incesto con su hermano gemelo Jaime Lannister.
Este empuja a Bran al vacío desde una torre con la esperanza de ocultar el secreto.
Catelyn se da cuenta de que su marido se enfrenta a numerosos peligros en Desembarco del Rey, por lo que viaja allí de incógnito en barco para advertirle.
Robb Stark, su hijo mayor, queda gobernando como el Señor de Invernalia.
Mientras tanto, Lord Eddard viaja hacia Desembarco del Rey, la capital, llevando consigo a sus hijas Sansa y Arya.
Como Robert se está muriendo, su hermano pequeño Renly sugiere a Eddard que deben usar sus guardias de hogar combinados para detener a Cersei y a sus hijos y tomar el control del trono durante la noche, antes de que los Lannister puedan actuar.
Renly huye de Desembarco del Rey con los guardias leales a la Casa Baratheon.
La consecuencia es que Eddard es arrestado, todos sus hombres mueren y Sansa es capturada.
Eddard es persuadido por Varys para confesar su traición y jurar lealtad a Joffrey como Rey verdadero a cambio de la vida de Sansa y los suyos, siempre que Ned se una a la Guardia de la Noche, tal y como el propio Varys había ya acordado con Cersei.
Robb, ahora Señor de Invernalia, comanda un ejército de hombres del norte y marcha hacia el sur, uniéndose a Catelyn para rescatar a su padre y hermanas en Desembarco del Rey.
Estos asesinan limpiamente al explorador Ser Waymar Royce, en medio de un frío descomunal.
En el Muro, Jon se une a los reclutas contra su duro instructor, y protege al cobarde pero bondadoso e inteligente, Samwell Tarly.
Sin embargo, es asignado como mayordomo del Señor Comandante de la Guardia, Jeor Mormont, apodado "el Viejo Oso".
Él se encarga de que su amigo Samwell Tarly consiga hacerse mayordomo del anciano Maestre Aemon.
Inicialmente, Drogo mantiene a Viserys y no le castiga por sus arrebatos de humillación pública exigiendo el cumplimiento del trato de apoyarle con un ejército para restablecerle como rey.
Enfurecido, Drogo se compromete a invadir Poniente para buscar venganza.
Mientras ella mira arder, Daenerys es seducida por la belleza de las llamas y entra en ellas.
Los pocos Dothraki que quedan y Ser Jorah Mormont juran su lealtad hacia ella como La Madre de Dragones.
Sin embargo, las pugnas por el poder entre las principales casas nobiliarias salen cada vez más abiertamente a la luz.
Además, inquietantes sucesos acontecen en el norte, más allá del gigantesco muro que separa los siete reinos de las tierras salvajes.
El Rey Loco, Aerys Targaryen, ejecutó al padre de Lyanna y a su hermano mayor Brandon cuando intentaron rescatarla.
La guerra civil llegó a su clímax con la Batalla del Tridente, en la cual el Príncipe Rhaegar fue asesinado por Robert Baratheon.
Desafortunadamente, durante la guerra, Lyanna Stark murió, aparentemente de enfermedad; Robert Baratheon, en su lugar, se casó con Cersei Lannister para consolidar la alianza.
A pesar de la victoria de Robert, el hijo y la hija más jóvenes del Rey Loco (Viserys y Daenerys Targaryen) fueron llevados a través del mar por criados fieles.
Se utiliza un sistema de pesos y medidas inspirado en el castellano del siglo XVIII.