Integró Trenes Argentinos (Holding) junto a otras empresas privadas del sector ferroviario.
Si bien la Operadora Ferroviaria Sociedad del Estado fue creada en 2008 recién dos años más tarde comenzó a prestar servicios, al asumir los que prestaba Servicios Ferroviarios del Chaco (SEFECHA) en la provincia homónima.
En 2011 le fueron asignados a la empresa servicios regionales en las provincias de Salta y Buenos Aires.
A partir de la creación del Ministerio del Interior y Transporte, en 2012, SOFSE y su contraparte ADIF comenzaron a desempeñar un papel más importante en la política ferroviaria, asumiendo la administración de todas las líneas suburbanas no concesionadas del Gran Buenos Aires, los servicios de larga distancia a La Pampa (General Pico vía Trenque Lauquen, Catriló - Santa Rosa y Bragado - General Pico vía Realicó), Córdoba y Tucumán vía Rosario y servicios en Entre Ríos anteriormente prestados por el Estado provincial.
Todas las anteriores habían sido operadas por empresas concesionarias desde la privatización de Ferrocarriles Argentinos y su sucesora FEMESA, pero las mismas fueron rescindidas entre 2005 y 2012 por incumplimientos de los respectivos contratos.