Hacia 1945, los ingleses y franceses buscan formalizar conversaciones con el gobierno argentino para vender sus ferrocarriles.

[2]​ Poco después se dispuso que al nuevo Ferrocarril Nacional General Bartolomé Mitre se incorporaran a partir del 1 de enero de 1949 el tramo comprendido entre Rosario y Capitán Castro del ex Ferrocarril Rosario a Puerto Belgrano y el ramal La Carlota a Villa María, que el decreto n.º 32574/1948 había incorporado al Ferrocarril Nacional General San Martín.

La nueva empresa mantuvo su nombre hasta septiembre de 1965, cuando fue simplificado a "Ferrocarriles Argentinos".

El corredor Rosario Central - Buenos Aires, de escasa importancia para el movimiento local, tenía un servicio por día con paradas en Coronel Aguirre, Alvear, General Lagos (a los 46 minutos), Arroyo Seco, Fighiera y Pavón.

Dicho servicio permitía comunicar Pérez con Rosario Norte en pocos minutos y obviamente resultaba mucho más económico.

En 1971 se construyó el Viaducto Avellaneda, obra vial que atravesó en alto nivel al Patio Parada del F.C.G.

También cesaron en su atención al público las estaciones Ludueña, Antártida Argentina (ex Fisherton), Barrio Vila, Sarratea y parada Cruce Alberdi.

A partir de ese momento el "Tren del Bajo", como se lo llamaba popularmente, fue abandonado.

El segundo gran desguace fue durante el gobierno del General Juan Carlos Onganía, cuya política ferroviaria dejó 11.089 cesanteados, 44.978 obreros rebajados de categoría, 237 estaciones y 2.981 km de ramales clausurados.

Tiempo después, entre 1985 y 1989 Ferrocarriles Argentinos favoreció los convenios con municipios para pasos viales a desnivel.

Poco tiempo después otra unidad recibió un esquema similar pero en lugar de negro se utilizó naranja para las bandas.

La concesión, considerando que se trataría de una servicio turístico diferencial, exigía solamente que se corriera un servicio de 5 trenes diarios sobre una única vía pero la nueva empresa decidió implementar la doble vía asemejándose más a un ferrocarril convencional.

Fue construida una nueva terminal, Maipú, puesto que se resolvió sustituir la trocha ancha por estándar y cambiar el sistema de alimentación eléctrica, ahora por catenaria, todo lo cual hacía imposible que el ramal Retiro-Delta volviera a funcionar en forma integrada.

Para abril de 1995 el servicio entre Maipú (Bartolomé Mitre) y Delta ya se encontraba rehabilitado.

En aquel entonces, el Expreso Buenos Aires Tucumán figuraba entre los servicios más suntuosos del mundo.

Era un tren para exigentes y se convirtió en una de las realizaciones más positivas que hizo Ferrocarriles Argentinos.

[cita requerida] Contornos realmente espectaculares revistió la partida desde la estación Retiro, que había sido especialmente engalanada para ese fin.

La empresa, entonces, se vio obligada a aceptar alquileres más bajos por parte de sus inquilinos, que sufrieron una caída en las ventas.

Cuando se inauguró, transportaba unas 100.000 personas por fin de semana; en 2005, no llegaba siquiera a los 150.000 por mes.

Igual situación sufrió el parque de diversiones que tardó varios años en asentarse.

[12]​ Desde entonces la empresa comenzó a gestionar infructuosamente el pago de algún subsidio municipal o nacional.

[14]​ Tras la estabilización, el Tren de la Costa volvió a respetar la frecuencia de un servicio cada 30 minutos y sumó vigilancia en las formaciones, se repararon tres unidades que se sumaron a las dos que ya funcionaban.

[15]​ En virtud del Decreto No 520/91 se creó una nueva empresa como desmembración de Ferrocarriles Argentinos, denominada FE.ME.S.A.

Los tráficos atendidos por el ahora ex Ferrocarril Mitre eran limitados con una marcada estacionalidad y la extensión de su red llegaba a los 4.512 k,[cita requerida] teniendo su principal sede en Rosario, donde NCA concentró sus actividades operativas y administrativas.

La comunicación entre los coches de la formación se realizaba mediante puertas que se cerraban o abrían automáticamente por medio de un sistema denominado soft touch que era comandado por el pasajero al accionar por contacto el botón ubicado en cada puerta.

También formaba parte de la red del Mitre el ramal Rosario - Puerto Belgrano, que no funcionaba en los años 80.

En 1992, el Gobierno Nacional firmó convenios con las provincias para transpasarles los servicios de pasajeros interurbanos.

Esta situación precaria se mantuvo hasta enero de 1999, cuando el servicio comenzó a ser operado por la concesionaria privada FE.MED.S.A.

Ferrocentral demostraba holgadamente tener capacidad comercial, financiera, mecánica y operativa para encarar con éxito esta clase de proyectos, sin descuidar la calidad del servicio.

[31]​ En febrero de 2014 la estación fue seleccionada para oficiar como terminal del renovado servicio ferroviario entre Rosario y Buenos Aires.