En 1943 contrajo matrimonio con Socorro Negretti, nacida en Valencia, Estado Carabobo, con quien tuvo cuatro hijos: de nombres Tania, Natacha, Iván y Luz María.
En 1989 fue designado por Carlos Andrés Pérez como miembro de la Comisión Presidencial para Asuntos Fronterizos Colombo-Venezolanos (COPAF) presidida por Ramón J. Velásquez.
Como Ministro impulsó la fundación de una nueva población, Ciudad Sucre que permitiera el poblamiento venezolano en la zona fronteriza del Municipio Páez, en Apure.
Cuando Hugo Chávez aparece en la campaña electoral para las elecciones presidenciales de 1998 y el MAS decide darle su apoyo, Pompeyo Márquez se retira de esta organización pasando al partido Izquierda Democrática (escisión del MAS) opuesto este a Hugo Chávez.
Su actividad política e intelectual se continuó desarrollando desde la Fundación Gual y España, creada por Márquez en 1984.