El nombre "Pirata" fue dado por el presidente honorario del club, Luis Guevara Bustamante, quien decidió rendirle homenaje a su hermano, quien falleció por una enfermedad que afectó su vista.
[1] Cabe decir que previamente la empresa apoyó a Deportivo Construcción Civil durante su participación en la Etapa Nacional de la Copa Perú 2015.
[3][4] En la Copa Perú 2016, el club inició su participación en la Liga Distrital de José Leonardo Ortiz en la que terminó siendo subcampeón.
En la Segunda Ronda Eliminatoria se enfrentó a Defensor Laure Sur con quien empató 4 - 4 en el resultado global; sin embargo logró avanzar gracias a la ventaja que tenía por haber ocupado una mejor posición que su rival en la tabla de posiciones de la Primera Fase.
El 18 de febrero, Pirata debutó en el fútbol profesional venciendo en casa por 2-1 a Real Garcilaso del Cusco.
Tras el descenso, tendrían que jugar la Liga 2 2020; aunque entró en duda la realización del torneo por los casos de COVID-19, aunque al final se jugó con solo 9 fechas donde el Pirata quedó en el 5.º puesto a un punto de las semifinales por el ascenso.
Ya en la siguiente etapa del torneo les toco integrar el Grupo B, donde quedaría último con solo 9 puntos y nuevamente sin chances de ascender.
La circunferencias más pequeña encerraba la imagen del famoso Jack Sparrow,[14][15][16] personaje de la saga Piratas del Caribe interpretado por el actor Johnny Depp; mientras tanto, entre la circunferencia mayor y la circunferencia menor, en la parte superior y curvado hacia abajo se leía: «PIRATA FÚTBOL CLUB»; en la misma zona, pero en la parte inferior y curvado hacia arriba se leía: «JOSÉ LEONARDO ORTIZ».
Conforme el club fue avanzando en la Copa Perú, el hecho de tener a un personaje tan famoso en su escudo causó un revuelo que incluso llegó a aparecer en la página web del Diario Olé[17][18] y otros medios internacionales.
[16] Finalmente lanzó un pedido en su cuenta oficial de Facebook para que los usuarios votaran o propusieran una nueva opción.
Ya con el nuevo escudo iniciaron la finalísima y quedaron campeones, ascendiendo a la Liga 1.