Pablo Zegarra comenzó su carrera profesional en las filas del club Sporting Cristal en 1985 jugando de centrocampista o mediapunta.
[1] Para la temporada de 1992 fue fichado por el Independiente Santa Fe, un histórico club colombiano dirigido por Jorge Luis Pinto, rindiendo a buen nivel.
En 1994 recaló en las filas de Argentinos Juniors, club argentino de mucha tradición, donde volvió a demostrar lo gran jugador que era, y esta vez si llamando la atención de equipo europeos, juega en Argentina hasta 1995 dando el salto finalmente a la 2.ª división española, al Club Deportivo Badajoz, con el que luchó por ascender a 1.ª división.
Al finalizar la temporada 1998 se marchó cedido al club en el que debutó en la profesional, Sporting Cristal, con el que se proclamó campeón del torneo Clausura bajo la dirección de Franco Navarro, jugó 17 partidos y anotó 2 goles.
En la siguiente temporada en 2.ª división, se volvió a convertir en un jugador importantísimo dentro de la UD Salamanca, aunque colectivamente no consiguieron ascender al quedar 4º clasificado y empatado a puntos con el Villarreal CF, que sí ascendió, después de haber estado líderes durante casi toda la temporada, la desilusión fue muy grande y decidieron que lo mejor para Zegarra era salir cedido una temporada, ya que necesitaba un cambio de aires.
Después de su paso por Portugal, regresó a Salamanca, para hacer una gran temporada, al lado del mejor delantero de la 2.ª división, que no era otro que Ariza Makukula, durante la temporada fue un titular indiscutible dentro del equipo, jugando 38 partidos y anotando 8 goles.
Luego jugó durante la temporada 2003-04 en el Alianza Lima, donde disputó la Copa Libertadores y consiguió ganar su última liga.