Los primeros registros históricos sobre los pilagás son del siglo XVII, cuando habitaban el este de las provincias del Chaco y Formosa sobre el río Paraguay junto a otros grupos como los abipones, los mocovíes y los tobas.
Las fuentes históricas los denominan yapitalaguás, zapitalagá (Guido Boggiani, 1898: 619), pitilagá (Félix de Azara, 1836: 396), pitelahá, pitaleaes (Francisco Morillo, 1837), zapitalaguas; zapitilingas (Nicolás del Techo, 1628: 295-296), yadpitilaga, apitolagas, guaycurure (Alfred Métraux, 1946a; Enrique Palavecino, 1933a).
Durante el siglo XVII los guaicurúes se expandieron por el Chaco Austral y Central hacia el oeste en continuas guerras con grupos mataco-mataguayos.
La expansión se detuvo a mediados del siglo XVIII por la presión militar española que los desplazó del río Bermejo, encontrándose los pilagás a fines del siglo XVIII en los bañados entre los ríos Pilcomayo y Paraguay hasta la zona de Fortín Yunká al oeste y el medio de la provincia de Formosa al sur.
Las tierras pilagás y de otros pueblos fueron ocupadas por colonos, y los indígenas que sobrevivieron a la guerra y a las enfermedades nuevas para ellos fueron utilizados en las plantaciones de algodón e ingenios azucareros, como auxiliares de las fuerzas militares o deportados como prisioneros a la isla Martín García.
Esto hizo que se diferenciaran en dos grupos: los “del bañado”, ubicados al oeste, y los “de Navagán”, en el este.
Investigaciones posteriores sugieren que los responsables fueron grupos makás del Paraguay.